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该研究通过对科潘（Copán）7 例古代个体基因组分析，发现当地遗传祖源可追溯至晚古风时期，早中古典期出现墨西哥高地人群基因流入，末期人口减少与文明崩溃同步。结合多维尺度分析（MDS）、群体结构（ADMIXTURE）等揭示玛雅人群遗传连续性与基因交流动态。
研究背景与样本概况
科潘作为古典玛雅文明东南部重要中心，其人口遗传构成长期未被深入解析。研究选取科潘遗址 16 例个体的岩骨样本，通过严格实验流程成功获取 7 例高质量古基因组，涵盖可能的统治王朝成员（CpM13，财富等级 5）及献祭个体（CpM12，财富等级 0），放射性碳定年显示其年代覆盖早中至中晚古典期（约 250–830 CE）。
基因组特征与遗传结构
测序结果显示，样本线粒体单倍型均属泛美洲谱系（A2、C1c 等），Y 染色体为美洲常见的 Q1b，验证了美洲原住民遗传背景。群体结构分析表明，科潘人群与伯利兹晚古风人群、墨西哥奇琴伊察（Chichén Itzá）终端古典期人群及现代玛雅人聚为同一遗传簇，显示玛雅地区自晚古风至现代的遗传连续性。多维尺度分析（MDS）进一步揭示中美洲人群的独特聚类，与安第斯、加勒比等地区存在遗传差异。
基因流与人口动态
通过 ADMIXTURE 及 qpAdm 模型，研究发现科潘人群以晚古风本地祖源（约 93.9%）为主，早中古典期引入约 6.1% 的墨西哥高地祖源（如瓦哈卡地区的 Mixe、Zapotec 人群），提示与中美洲核心区的人群互动。IBD 片段分析显示，玛雅地区有效人口规模在约 1221 年前达峰值（约 19,000），随后在古典期末期（约 1200 年前）显著下降，与文明崩溃的时间吻合，印证环境压力或社会动荡对人口的影响。
文明兴衰的遗传印记
结合同位素分析（δ13C、δ18O）及考古证据，科潘精英个体的高玉米饮食占比反映农业经济基础，而基因流事件与王朝建立（426 CE）在时间上重叠，暗示外来精英通过婚姻或政治联盟融入本地。终端古典期奇琴伊察人群的祖源比例接近 1:1（本地与高地墨西哥），可能与贸易网络或政权更迭相关。人口衰退则与 9–11 世纪干旱事件叠加，揭示多重因素导致的文明瓦解。
研究局限与展望
尽管首次系统性揭示科潘遗传史，样本量小（7 例）及低覆盖度基因组可能影响统计效力。未来需扩大时空采样，结合全基因组捕获技术，进一步解析玛雅不同城邦间的遗传异质性，为理解复杂社会的兴衰提供更全面的分子证据。
