CDKN1C新发变异导致Beckwith-Wiedemann谱系伴非典型并发症的分子机制研究

本研究针对一例伴胆汁淤积和肠旋转不良等非典型症状的Beckwith-Wiedemann谱系（BWSp）患儿，通过长读长测序技术（long-read sequencing）确认CDKN1C基因新发无义变异（c.655C>T）的母源等位基因起源，排除了双重分子诊断可能。该研究拓展了BWSp的临床异质性认知，并凸显了等位基因溯源在印记疾病诊断中的关键价值。

　　

研究背景与意义
Beckwith-Wiedemann谱系（BWSp）是一种由11p15.5染色体区域表观遗传或遗传异常引起的基因组印记疾病，典型特征包括巨舌、脐膨出和过度生长。然而，约20%患者表现出非典型症状，这给临床诊断带来挑战。CDKN1C作为BWSp的关键致病基因，其母源等位基因变异可导致疾病发生，但常规检测往往忽略等位基因溯源，使得非典型病例的分子诊断存在不确定性。

研究方法与技术
名古屋大学医学院团队对一例伴胆汁淤积和肠旋转不良的BWSp患儿开展研究。通过全外显子测序（WES）发现CDKN1C新发无义变异（NM_001122630.2:c.655C>T），并采用PacBio长读长测序技术进行单倍型分型（haplotype phasing）和甲基化分析（methylation profiling），结合Sanger测序验证。研究对象为妊娠30周早产女婴，临床数据包括生长参数、生化指标及影像学检查结果。

研究结果

1. 临床特征：患儿出生体重1088g（-1.5 SD），具有巨舌、额部单纯性痣等典型BWSp特征（BWSp评分=5），但合并需全肠外营养（TPN）的肠旋转不良和胆汁淤积等罕见并发症。
2. 遗传分析：WES检测到CDKN1C c.655C>T变异（ClinVar RCV001218456），ACMG评级为致病性（PVS1+PS2+PM2）。长读长测序显示该变异位于单倍型1（haplotype 1），且KCNQ1OT1:TSS-DMR呈现高甲基化模式，证实为母源等位基因起源。
3. 甲基化特征：IGF2:Ex9-DMR的甲基化异质性进一步支持母源变异假说，而H19/IGF2:IG-DMR因测序深度不足未完全评估。

结论与讨论
该研究首次通过长读长测序技术明确了CDKN1C母源变异与BWSp非典型表型的因果关系，排除了Alagille综合征等其他遗传病因。这一发现具有三重意义：

1. 诊断层面：强调等位基因溯源在印记疾病中的必要性，现有HGMD数据库中14%的CDKN1C新发变异未验证亲本起源。
2. 临床拓展：将胆汁淤积和肠旋转不良纳入BWSp表型谱，为类似病例提供诊断参考。
3. 技术应用：展示长读长测序在解决复杂遗传问题中的优势，尽管其成本效益比仍需优化。

研究局限性包括未进行DNA甲基化芯片检测，以及早产和TPN对并发症的潜在影响。未来需扩大样本验证CDKN1C变异与消化系统异常的关联性。论文发表于《Human Genome Variation》，为BWSp的精准诊疗提供了新范式。