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本文首次从贵州黄腹鼠（Berylmys bowersi）中分离到 Marmotae 大肠杆菌（Escherichia marmotae），通过 16S rRNA 序列、脉冲场凝胶电泳（PFGE）及全基因组测序（WGS）证实其分类地位，发现菌株携带 137 个毒力因子、5 类抗生素抗性机制，对青霉素等 4 类抗生素耐药，揭示其潜在人畜共患病风险及监测必要性。
研究背景与目的
Marmotae 大肠杆菌（E. marmotae）于 2015 年首次从喜马拉雅旱獭（Marmota himalayana）肠道内容物中分离，属肠杆菌科（Enterobacteriaceae）埃希氏菌属（Escherichia）。近年研究发现其可能引发人类疾病，且与大肠杆菌（E. coli）存在临床鉴别困难。黄腹鼠（Berylmys bowersi）作为贵州地区重要啮齿动物，尚未有该菌分离报道。本研究首次从黄腹鼠中分离 E. marmotae，并对其遗传特征、分子分型、生化特性及抗生素抗性进行系统分析。
材料与方法
菌株来源与分离
采用夜间夹捕法在贵州黎平县开展啮齿动物监测，捕获黄腹鼠后，无菌采集小肠及直肠标本，接种于血琼脂平板，分别在 28℃ 和 37℃ 需氧条件下培养 48 小时，挑选形态一致菌落纯化培养。
基因鉴定与分子分型
通过 PCR 扩增 16S rRNA 基因并测序，与 NCBI 数据库比对；利用脉冲场凝胶电泳（PFGE），以 XbaI 酶切基因组 DNA，分析菌株遗传相关性。
全基因组测序（WGS）
结合短读长（MGISEQ-2000RS）和长读长（Nanopore）测序技术，经数据预处理、混合组装及质量验证，获得高质量闭合基因组。
生物信息学分析
基于多个数据库（CARD、KEGG、VFDB 等）对基因组进行功能注释，分析毒力因子、抗生素抗性基因、代谢通路等；通过平均核苷酸同源性（ANI）和数字 DNA-DNA 杂交（dDDH）比较菌株与近缘种的基因组相似性。
生化特性与抗生素敏感性测试
利用 API 20E 试剂条及多种选择性培养基，分析菌株的生化反应特征；采用 Kirby-Bauer 纸片扩散法，检测对 35 种抗生素的敏感性。
结果
菌株鉴定与遗传分析
从黄腹鼠肠道分离到 4 株形态相似菌株（S2-2、S2-4、S2-5、S2-6），16S rRNA 序列与 E. marmotae 同源性 >99.5%，PFGE 显示菌株间遗传相似度 100%，与大肠杆菌 ATCC 25922 差异显著。
全基因组特征
代表菌株 S2-2 基因组大小为 5,037,959 bp，GC 含量 50.17%，含 92 个 tRNA、多拷贝 rRNA 基因。功能注释显示，菌株携带 137 个毒力因子，涉及毒素、黏附、分泌系统等；5 类抗生素抗性机制（外排泵、通透性降低等），覆盖 80 个抗性基因，对氟喹诺酮类、四环素类等多种抗生素耐药。
生化与耐药表型
菌株为革兰氏阴性短杆菌，无运动性，能发酵阿拉伯糖、葡萄糖等，不发酵蔗糖；对青霉素、红霉素、利福平、复方新诺明耐药，对 29 种抗生素敏感。
讨论与结论
本研究首次证实 E. marmotae 可感染黄腹鼠，拓展了该菌的宿主范围。菌株携带丰富毒力因子及耐药基因，且与大肠杆菌等近缘种存在遗传差异，提示其潜在人畜共患病风险及临床鉴别重要性。鉴于贵州部分地区有食用野生啮齿动物的习惯，需加强对该菌的监测，以评估其对公共卫生的威胁。研究为 E. marmotae 的生态分布、致病机制及耐药性传播提供了基础数据，但菌株的体内致病能力及质粒介导的耐药机制仍需进一步研究。
