戈登氏菌Gordonia rubripertincta 112全基因组测序揭示其芳香族与脂肪族化合物降解机制

来自俄罗斯的研究人员针对环境污染治理难题，完成了戈登氏菌Gordonia rubripertincta 112的全基因组测序。该菌株具有降解苯甲酸酯、邻苯二酚、癸烷和十六烷等污染物的能力，其基因组包含5.1 Mb染色体和两个质粒（pCP998/pCP905），GC含量67.34%。研究通过纳米孔（ONT）和MGI平台混合组装技术获得完整基因组，为解析微生物降解机制提供了重要遗传资源。

　　

戈登氏菌（Gordonia）家族成员以降解多种污染物著称，包括烷烃（alkanes）、萘（naphthalene）和噻吩（thiophenes）。其中G. rubripertincta 112菌株（保藏编号IEGM 112）源自1980年代土壤分离，现存于俄罗斯Perm地区的特藏库和莫斯科Pushchino的IBPM RAS微生物生理实验室。该菌能高效转化苯甲酸盐（benzoate）、邻苯二酚（catechol）、癸烷（decane）和十六烷（hexadecane）。

研究人员采用液氮冷冻（-70°C）和LB培养基进行菌株保藏。基因组提取使用Qiagen DNeasy试剂盒，通过牛津纳米孔PromethION平台（R10.4.1芯片）和MGI DNBSEQ-G400双平台测序，分别获得172,617条长读长（N₅₀=12,581 bp）和11.79 million对短读长。采用Flye+SPAdes混合组装策略，经Bowtie2和Pilon纠错后，最终获得5,108,631 bp环形染色体（GC 67.34%）及两个质粒pCP998（99,888 bp）和pCP905（90,599 bp），完整度达98.30%。

通过平均核苷酸相似性（ANI）和数字DNA杂交（dDDH）分析，确认该菌株与模式菌株NBRC101908相似度高达99.95%。NCBI注释显示基因组含4,909个基因，包括4套完整rRNA、49个tRNA和3个非编码RNA，携带大量芳香族/脂肪族化合物及类固醇代谢相关基因。测序工作依托俄罗斯科学基金会资助（22-74-10082），在Lopukhin FRCC PCM基因组学平台完成。