爱尔兰首例临床分离耳念珠菌MUTCD0001基因组测序：耐药性监测与分子流行病学意义

为解决耳念珠菌(Candida auris)多重耐药性导致的临床感染难题，来自爱尔兰的研究团队完成了该国首例临床分离株MUTCD0001的全基因组测序。该研究采用Illumina NovaSeq 6000平台获得12.3 Mb高质量基因组草图，通过SNP分析确认其属于Clade I分支，并检测到ERG11等耐药相关基因突变，为医院感染防控提供了关键分子流行病学数据。

　　

爱尔兰科克大学医院高依赖病房2022年8月从患者腹部组织分离出一株耳念珠菌，经基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)鉴定后，研究人员使用含2%葡萄糖的YEPD培养基进行液态培养。通过Illumina NovaSeq 6000平台进行150 bp双端测序，获得530万条高质量读长，经SPAdes软件组装得到112个contig，基因组大小12.3 Mb，GC含量44.52%，BUSCO评估显示99.2%的完整性。

该菌株与Clade I参考菌株B8441仅存在1,242个单核苷酸多态性(SNP)，远少于其他分支菌株（如Clade V差异达27.5万SNP）。基因组分析发现包含Clade I特异性引物序列，并检测到唑类耐药关键基因ERG11的突变。研究强调需在爱尔兰医疗机构推广基因组监测技术，这对控制这种被WHO列入真菌优先病原体清单的多重耐药菌传播至关重要。