中国天目黑露螽(露螽亚科:驼螽科)线粒体全基因组研究及其在系统发育中的意义

【字体: 时间:2025年05月29日 来源:Microbiology Resource Announcements 0.7

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  目前 Melanabropsis 属仅有形态学描述缺乏分子数据。来自中国的研究人员对天目黑露螽(Melanabropsis tianmuica)线粒体基因组开展研究,测得其长 15,696 bp,含 13 个蛋白编码基因等。该成果为后续系统发育研究提供重要分子依据。

  
Melanabropsis 属是由王和刘新建的属,包含 4 个中国种和 3 个日本种。目前该属仅有形态学描述,尚未进行分子数据测序。天目黑露螽的线粒体基因组发布将有助于未来的系统发育研究。天目黑露螽身体黑色、无翅,夜间活动,觅食或进行其他活动。

本研究中,天目黑露螽样本采集自中国浙江清凉峰(30.1051 N,118.8893 E),保存于 100% 乙醇中,-4°C 储存,标本存放于中国广西师范大学。采用天根基因组 DNA 提取试剂盒从后股骨肌肉中提取总基因组 DNA,送北京百迈客生物科技有限公司进行高通量测序。使用 MGIEasy 试剂盒构建 150 bp 双端文库,并在 Illumina Hiseq 2500 上测序。原始数据用 fastp v.0.20.0 处理,修剪接头和引物,过滤质量值 < 3 的 reads,经 QC 后获得 5,938,596,900 条过滤后的 reads。原始双端 reads 用 CLC Genomics Workbench 12 默认参数过滤,获得高质量清洁 reads。以短突 Henicus(Henicus brevimucronatus,NC_028063)线粒体基因组为参考序列,用 NOVOPlasty 4.2 组装新线粒体基因组,参数设置为 type mito,基因组范围 14,000–18,000,kmer 39,得到 N50 为 15,696。注释使用 Galaxy 上的 MITOS2 工具,采用无脊椎动物遗传密码和 RefSeq 89 后生动物参考数据。线粒体基因组图谱通过在线工具 CGView 服务器获得。

新测序的天目黑露螽线粒体基因组长 15,696 bp,AT 偏性为 67.1%(GenBank 登录号 PP764156),GC 含量 32.9%。该基因组具有典型节肢动物基因排列,包含 13 个蛋白编码基因(PCG)、22 个转运 RNA 基因(tRNA)、2 个核糖体 RNA 基因(rRNA)和一个控制区。比较分析显示,整个线粒体基因组中 A+T 含量高于 C+T 含量。除 cox2 和 nad5 以不完整 T 结尾外,所有 13 个蛋白编码基因均以 ATN 密码子起始,以 TAA/TAG 终止,这在动物线粒体基因组中常见。13 个蛋白编码基因中最常用的氨基酸是 UUA(Leu2)和 UCA(Ser2)。

本研究得到国家自然科学基金(No. 32360126)和广西自然科学基金(No. 2018JJB130032)资助。S.P. 构思和设计研究,进行实验,起草论文并最终批准发表版本;Y.Z.、Y.Q. 和 X.B. 参与数据获取、分析和解释以及论文起草。所有作者同意对工作的所有方面负责。

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