沙门氏菌在阿米巴胞内环境中的转录组适应性机制：基于Cappable-seq的氧化应激与饥饿胁迫研究

来自俄罗斯科学院的研究人员通过Cappable-seq技术，解析了肠炎沙门氏菌14028S在阿米巴胞内寄生、氧化应激（H2O2处理）及营养匮乏（PAS培养基）条件下的转录组动态，揭示了该病原体在原生动物宿主中的生存策略，为理解其环境适应性提供了高分辨率数据。

　　

【前沿发现】当肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica）遭遇阿米巴"杀手"时，会启动怎样的基因防御程序？最新研究运用前沿的5'端捕获测序技术（Cappable-seq），对寄生在棘阿米巴（Acanthamoeba castellanii）胞内8/15小时的菌体，以及经历氧化应激（1 mM H₂O₂冲击）和饥饿胁迫（Page’s amoeba saline培养基）的游离菌群进行全转录组扫描。

实验设计充满巧思：用含龙胆霉素（gentamicin 100 μg/mL）的培养基清除胞外菌后，通过乙醇-酸性酚裂解阿米巴细胞，精准捕获胞内沙门氏菌RNA。测序数据经STAR比对和DESeq2分析显示，感染后期（15 hpi）菌体的转录特征显著区别于游离状态，PCA分析中PC1贡献率达65%。特别值得注意的是，与阿米巴共培养样本中7-8%的读段竟来自宿主基因组，暗示可能存在跨界RNA交流。

表1数据揭示：在营养匮乏条件下，菌体rRNA占比骤降至5.65%（LB对照组为3.92%），而氧化应激组则出现8.44%的rRNA富集。这些高精度数据（Q>30 Phred值）已存入NCBI数据库（SRR29681622-SRR29681641），为探索病原体-原生动物互作提供了分子罗盘。