人类粪便源Cetobacterium somerae ATCC BAA-474完整基因组测序揭示其肠道健康关联性

来自美国国立卫生研究院（NIH）资助的研究团队针对Cetobacterium somerae ATCC BAA-474原有基因组草图质量差（174 scaffolds，N50仅47,157）的问题，采用ONT长读长与Illumina短读长混合测序技术，成功完成该菌株3.2 Mbp染色体与4个质粒的环化组装（N50达1,938,920），注释出3,061个基因。该成果为解析该菌株在结直肠癌生物标志物及肠道微生态中的功能机制奠定基础。

　　

这项研究报道了从人类粪便中分离的Cetobacterium somerae ATCC BAA-474菌株的完整基因组测序成果。该厌氧菌最初在含生物素的最低盐培养基中37℃条件下分离获得，其早期发布的3.068 Mbp草图基因组（ASM47904v1）存在174个支架的碎片化问题，严重阻碍全基因组分析。

研究团队通过德国微生物保藏中心（DSMZ）获取菌株后，采用Zymo Research的快速DNA提取试剂盒获取高质量gDNA，委托Plasmidsaurus公司进行混合测序：牛津纳米孔技术（ONT）使用R10.4.1流动槽和Dorado 7.1.4碱基识别器，Illumina平台则采用2×150 bp双端测序。经Filtlong过滤低质量读长后，Flye 2.9.4软件组装出8个contigs，其中4个被geNomad鉴定为携带独立复制元件的质粒。

最终获得的环化染色体长达1,938,920 bp（GC含量29.5%），整体基因组完整度达98%（CheckM评估）。与原始版本相比，新组装的N₅₀值提升40倍，L₅₀从19降至1。值得注意的是，Contig 4/6/7/8显示出质粒特征，最小者仅2,443 bp。该菌株在68%健康人肠道中存在，其丰度变化与结直肠癌发生显著相关，新基因组将为阐明其代谢网络与宿主互作机制提供关键数据。测序工作获美国NIH R01 GM136885项目资助。