综述：游离DNA甲基化及其在液体活检中作为生物标志物的潜力：系统性综述

（编辑推荐）这篇综述系统阐述了游离DNA（cfDNA）甲基化作为表观遗传标志物的临床潜力，重点解析了其在肿瘤早诊、产前筛查和移植监测中的价值。文章对比了亚硫酸盐转化（bisulfite conversion）与酶解法等检测技术优劣，并展望了多组学（multi-omics）整合分析的未来方向，为液体活检（liquid biopsy）领域研究者提供了重要参考。

　　

Abstract
DNA甲基化作为关键的表观遗传修饰，通过调控基因表达参与疾病发生发展。游离DNA（cfDNA）甲基化改变往往早于临床症状出现，其组织特异性模式为液体活检提供了独特优势。尽管存在片段化、低浓度和高背景噪音等挑战，随着基因组分析和甲基化检测技术的进步，cfDNA甲基化已成为早期诊断、预后预测和组织溯源的有力工具。

Introduction
5-甲基胞嘧啶（5mC）在DNA甲基转移酶作用下形成，主要富集于CpG位点，通过抑制转录因子结合来沉默基因表达。cfDNA携带来源组织的甲基化特征，其非侵入性特质在肿瘤筛查和产前诊断中展现出巨大潜力。研究证实，肺癌患者血浆中RASSF1A、CDKN2A等基因的特异性甲基化具有诊断价值，而移植受体的cfDNA甲基化差异可实时监测排斥反应。不过，样本前处理标准化和检测灵敏度仍是临床转化亟待解决的问题。

Overview on cfDNA methylation analysis
cfDNA甲基化分析流程涵盖样本提取、靶序列富集和数据分析等关键步骤。血液、尿液和脑脊液等样本需经过严格的质量控制，酶处理环节对维持甲基化信息完整性至关重要。

Technologies for cfDNA methylation assays
当前技术主要分为亚硫酸盐转化法（如全基因组甲基化测序WGBS）、酶解法（如TET辅助吡啶硼烷测序TAB-seq）和亲和富集法（如MeDIP-seq）。亚硫酸盐处理虽能实现单碱基分辨率，但易造成DNA降解；新兴的纳米孔测序技术则有望实现直接检测。

Early diagnosis
在肺癌诊断中，联合检测RASSF1A/CDKN2A/DLEC1甲基化可实现92.3%的特异性。结直肠癌患者血浆SEPT9甲基化检测已获FDA批准，彰显其临床转化潜力。

Integrative multi-omics research
cfDNA甲基化与基因组突变、循环肿瘤DNA（ctDNA）及蛋白质组数据的整合，可提升对肿瘤异质性和治疗反应的解析能力。

Conclusions
尽管存在技术瓶颈，cfDNA甲基化分析在精准医学领域的应用前景广阔。未来需开发高灵敏度检测方法，并建立跨中心标准化操作流程以推动临床落地。