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为探究卵巢癌恶性上皮细胞异质性及治疗预后，研究人员利用单细胞 RNA 测序分析 6 例患者网膜组织，鉴定出 3 个亚群，构建 URS 模型。发现高风险组 TMB 更高，GTF2F2 促进 EMT，为精准治疗提供新方向。
卵巢癌作为女性生殖系统常见恶性肿瘤，因其起病隐匿，多数患者确诊时已处于晚期，且肿瘤异质性强，导致治疗效果不佳、预后较差。目前，尽管标准治疗采用手术联合铂类化疗，但化疗耐药及缺乏可靠早期诊断策略等问题，使得患者总体预后差、复发率高。因此，深入探究其分子机制、优化治疗策略成为亟待解决的医学难题。
为解开卵巢癌复杂的生物学特征，河南中医药大学、北京大学第三医院等机构的研究人员开展了相关研究。他们利用单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）技术，对 6 例卵巢癌患者的网膜组织样本进行分析，旨在揭示卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，挖掘潜在的诊断和治疗靶点。该研究成果发表在《Journal of Ovarian Research》上。
研究人员主要采用了以下关键技术方法：从 GEO 数据库获取单细胞 RNA 测序数据（GSE173682），包含 6 例卵巢癌患者的网膜组织样本；从 TCGA 数据库获取 bulk RNA-seq 表达谱及临床数据（427 例样本）用于构建预后模型。运用 Scanpy、Scrublet 等工具进行数据质量控制和 doublets 过滤，通过 InferCNVpy 分析拷贝数变异（CNV）以鉴定恶性上皮细胞，借助 Leiden 算法进行细胞聚类，使用 CytoTRACE 评估细胞干性，通过 pySCENIC 分析转录因子网络，利用 CellPhoneDB 进行细胞间通讯分析，采用 LASSO 和多变量 Cox 回归构建风险评分模型，还通过基因敲除实验（shRNA）在 ES-2 细胞系中验证 GTF2F2 的功能。
单细胞 TME 景观及恶性上皮细胞鉴定
经质量过滤和批次效应校正后，保留 31691 个高质量细胞，鉴定出上皮细胞、成纤维细胞、T 细胞等 6 种主要细胞类型。不同组织学亚型和临床分期中细胞比例存在差异，如子宫内膜样肿瘤中巨噬细胞比例仅 0.60%。通过 InferCNVpy 鉴定出 4203 个恶性上皮细胞，进一步聚类为 TMSB4X+Epi、TSC22D1+Epi 和 UBE2C+Epi 三个亚群。其中 UBE2C+Epi 在晚期（IV 期）占比达 77.45%，其富集于细胞周期、染色体稳定及 EMT 相关通路，提示具有更强的增殖和侵袭能力。
亚群干性及基因调控网络分析
CytoTRACE 分析显示，UBE2C+Epi 的干性评分最高，提示其处于更早期或未分化状态，可能是肿瘤进展的关键驱动亚群。pySCENIC 分析各亚群转录因子，发现 UBE2C+Epi 中 SMARCC2、MSC 等转录因子活性较高，可能调控其干性和增殖。
细胞间通讯分析
CellPhoneDB 分析表明，三个恶性上皮亚群与内皮细胞、巨噬细胞等存在丰富的配体 - 受体相互作用。如 UBE2C+Epi 与内皮细胞的 VEGFB-FLT1、VEGFB-NRP1 等相互作用与血管生成和 ECM 重塑相关，与巨噬细胞的 APP-CD74 等相互作用可能涉及免疫逃逸。
预后风险模型构建与评估
基于 UBE2C+Epi 亚群的高表达基因，通过 LASSO 和 Cox 回归构建了包含 TJP1、KRT7、CCT7、SPINT2、GTF2F2、SELENOH 的风险评分（URS）模型。该模型将患者分为高低风险组，高风险组 TMB 水平更高（p=0.00011），对奥希替尼、雷帕霉素等药物更敏感，而低风险组对 ERK 抑制剂更有效。免疫浸润分析显示，低风险组 M1 巨噬细胞和滤泡辅助 T 细胞比例更高，高风险组免疫排斥和 TIDE 评分更高，免疫逃逸倾向明显。
GTF2F2 功能验证
在 ES-2 细胞系中敲低 GTF2F2 后，伤口愈合和 Transwell 实验显示细胞迁移和侵袭能力显著降低。Western blot 显示 E - 钙粘蛋白表达升高，N - 钙粘蛋白表达降低，提示 GTF2F2 可能通过促进上皮 - 间质转化（EMT）推动肿瘤进展。
研究结论与意义
本研究通过单细胞 RNA 测序系统揭示了卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，鉴定出 UBE2C+Epi 亚群为高侵袭性亚群，构建的 URS 模型为患者分层和个性化治疗提供了新框架。GTF2F2 被证实通过调控 EMT 促进卵巢癌进展，为潜在的诊断和治疗靶点提供了实验依据。研究结果深化了对卵巢癌发病机制的理解，为精准医疗策略的开发开辟了新途径，有望改善卵巢癌患者的预后。
