登革热病毒基因组分析揭示巴基斯坦卡拉奇 2022 年疫情起源及传播路径：与东南亚及中国 - 新加坡株的潜在关联

【编辑推荐】2022 年巴基斯坦卡拉奇登革热疫情威胁严重，病原株溯源空白。本研究通过基因组测序和系统发育分析，对 135 株登革病毒 1 型（DENV-1）全基因组测序，发现流行的基因型 III 株可能起源于东南亚，与中国 - 新加坡株相关，提示需加强基因组监测与国际合作。

　　

2022 年巴基斯坦卡拉奇的登革热疫情对该地区构成严重威胁，但尚未有研究调查致病株的起源。本研究旨在通过基因组测序和系统发育分析，追溯导致 2022 年疫情的登革病毒 1 型（DENV-1）株的起源和传播途径。研究人员利用长读长扩增子测序技术，成功从临床样本中测序获得 135 个完整的 DENV-1 基因组。结果显示，在巴基斯坦流行的 DENV-1 基因型 III 株很可能起源于东南亚，与中国 - 新加坡株存在潜在关联。通过重建祖先序列进行突变比较表明，巴基斯坦分支与 2014-2015 年中国疫情株共享特征性非同义突变，提示当前流行的 DENV-1 株可能起源于此。考虑到中国和巴基斯坦疫情之间的时间间隔，传播途径中很可能存在 “缺失环节”。本研究结果为了解巴基斯坦 DENV-1 的遗传多样性和传播模式提供了关键见解，并强调需要加强基因组监测和国际合作，以控制 DENV 的传播并预测其暴发。