DNA 损伤反应通路合成致死共突变预测肿瘤免疫治疗疗效的泛癌研究

【字体: 时间:2025年05月30日 来源:JCO Precision Oncology 4.6

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  免疫检查点抑制剂(ICIs)在实体瘤治疗中意义重大但响应人群难辨。本研究发现 DNA 损伤反应(DDR)通路合成致死(SL)共突变可作为 ICIs 疗效生物标志物,TP53-ATM 共突变或助识别响应患者,其与肿瘤免疫微环境改变相关。

  

研究背景与目的


免疫检查点抑制剂(ICIs)虽在实体瘤治疗中取得进展,但整体响应率低(约 10%-30%),寻找有效生物标志物至关重要。DNA 损伤反应(DDR)通路基因突变与 ICIs 良好响应的关联日益受到关注,但具体生物标志物的筛选标准尚不明确。本研究旨在探讨 DDR 通路中合成致死(SL)共突变是否可作为 ICIs 治疗的生物标志物,及其与肿瘤免疫微环境的相互作用。

研究方法


从公共数据库提取接受 ICIs 和非 ICIs 治疗的癌症患者数据,从 SynLethDB 数据库选择 SL 基因组合。运用 Kaplan-Meier 分析探究 DDR 通路 SL 基因共突变与预后的相关性,基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库的 DNA 和 RNA 序列,使用 Timer 在线工具进行免疫浸润分析。

研究结果


SL 共突变与 ICIs 响应的关联


接受 ICIs 治疗的 DDR 通路 SL 共突变阳性(DDR co-mut+)患者,总生存期(HR=0.76,95% CI:0.62-0.92,P=0.0061)、无进展生存期(HR=0.33,95% CI:0.18-0.60,P=0.0003)显著延长,客观缓解率(ORR)更高(66.7% vs 21.0%,P=0.0009)。而接受非 ICIs 治疗的 DDR co-mut+患者生存期显著缩短(HR=1.35,95% CI:1.16-1.56,P<0.0001)。高频 DDR SL 共突变对富集于检查点因子(CPF)通路,TP53-ATM 是常见组合,其共突变阳性患者从 ICI 治疗中获得更多生存益处(HR=0.63,95% CI:0.41-0.99,P=0.045)。

免疫浸润分析


TP53-ATM 共突变阳性肿瘤的免疫反应发生改变,CD4+T 细胞、浆细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞和髓样树突状细胞水平较高,但 CD8+T 细胞水平较低。在不同癌症类型中,免疫细胞浸润模式存在差异,如膀胱尿路上皮癌和肺腺癌中 CD8+T 细胞显著降低,而胃腺癌中 naive 和记忆 CD8+T 细胞显著升高。此外,TP53-ATM 共突变阳性患者的免疫检查点分子(如 PD1、PDL2)和 cGAS-STING 通路基因表达在部分癌症中升高。

讨论


本研究表明,DDR 通路 SL 共突变是 ICIs 疗效的有前途生物标志物,特别是 TP53-ATM 共突变状态可用于识别 ICIs 响应患者。SL 共突变可能通过诱导肿瘤细胞 DNA 修复机制过载,引发有丝分裂灾难和凋亡,刺激 cGAS-STING 通路和效应 T 细胞活化,从而塑造有利于 ICIs 激发免疫反应的肿瘤免疫微环境。然而,研究存在回顾性分析的局限性,未来需更多临床数据和机制研究进一步验证。

结论


本研究为 ICIs 治疗的生物标志物筛选提供了新视角,DDR 通路 SL 共突变,尤其是 TP53-ATM 共突变,有望成为预测 ICIs 疗效的重要生物标志物,其与肿瘤免疫微环境的相互作用为理解 ICIs 响应机制提供了新见解。

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