基于液-液相分离相关基因的骨肉瘤患者预后及免疫特征分析

为解决骨肉瘤预后评估和治疗靶点匮乏的问题，浙江大学医学院附属嘉兴医院团队首次基于液-液相分离相关基因（LLPSRGs）构建了骨肉瘤预后模型。研究通过多变量Cox回归筛选出ATP6V1E1、CLTCL1和ERCC2三个关键基因，验证模型在独立数据集中的可靠性，并揭示其与肿瘤微环境及药物敏感性的关联。该研究为骨肉瘤个体化治疗提供了新靶点，发表于《Discover Oncology》。

　　

骨肉瘤是儿童青少年癌症死亡的第二大原因，尽管联合化疗显著提高了生存率，但转移患者5年生存率仍不理想。液-液相分离（Liquid-liquid phase separation, LLPS）作为细胞内的动态分相现象，在肿瘤发生发展中起关键作用，但其在骨肉瘤中的机制尚未明确。

为探索LLPS相关基因（LLPSRGs）的临床价值，浙江大学医学院附属嘉兴医院团队整合TARGET_OS和GSE21257数据集，通过生存分析、LASSO回归和多变量Cox模型，首次构建了基于3个LLPSRGs（ATP6V1E1、CLTCL1、ERCC2）的预后风险评分系统。研究采用CIBERSORT分析免疫浸润，结合单细胞测序（GSE162454）解析基因空间分布，并通过oncoPredict评估药物敏感性。

3.1 Identification of LLPSRGs with prognostic value
通过单变量Cox回归从3585个LLPSRGs中筛选出6个基因，经LASSO压缩至3个核心基因（ATP6V1E1 HR=0.66、CLTCL1 HR=0.57、ERCC2 HR=0.55）。低表达这些基因的患者预后更差，在独立验证集中保持显著（P<0.05）。

3.2 Construction and validation of the prognostic signature
风险评分公式为：(-0.02ATP6V1E1)+(-0.48CLTCL1)+(-0.23*ERCC2)。高低风险组间生存差异显著（训练集AUC_10年=0.71，验证集AUC_10年=0.90），且风险评分是独立预后因素（P<0.001）。

3.4 The associations with the tumor immune microenvironment
高危组肿瘤纯度更高（P<0.05），Mast细胞活化程度显著增加。基因-免疫互作网络显示，3个LLPSRGs与CD8⁺ T细胞等呈负相关，提示其可能通过调节免疫浸润影响预后。

3.5 Estimation of therapeutic drugs
MG_132和Bortezomib在高危组IC₅₀值更低，且与3个基因表达负相关，为精准用药提供依据。

3.6 Expression of 3 LLPSRGs in scRNA-seq
单细胞解析显示ATP6V1E1在多数细胞中高表达，而CLTCL1和ERCC2具有细胞类型特异性分布模式。

该研究开创性地将LLPS机制引入骨肉瘤预后评估，证实ATP6V1E1等基因通过调控Mast细胞浸润影响肿瘤进展。模型的多组学验证为临床分层治疗奠定基础，筛选的靶向药物（如蛋白酶体抑制剂）具有转化潜力。局限性在于回顾性数据和小样本量，未来需前瞻性研究验证免疫治疗响应预测价值。