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揭示KLRD1在冠状动脉粥样硬化中的免疫调控作用:基于生物信息学与机器学习的机制探索与诊断标志物发现
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年05月31日 来源:Journal of Cardiothoracic Surgery 1.5
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本研究聚焦冠状动脉粥样硬化(AS)这一慢性炎症性疾病,通过整合GSE43292和GSE9820数据集,结合Lasso回归与SVM-RFE算法,首次系统解析了免疫相关基因KLRD1(自然杀伤细胞关键受体)在AS中的调控网络。研究发现KLRD1通过调节单核细胞分化、T细胞活化及细胞间黏附等免疫通路,显著影响斑块微环境中的免疫细胞浸润(如CD8+ T细胞、活化树突状细胞),其表达水平与AS进展密切相关。该成果发表于《Journal of Cardiothoracic Surgery》,为AS的免疫治疗提供了新靶点,并建立了基于23个枢纽基因(含KLRD1)的高精度诊断模型(AUC达0.831)。
冠状动脉粥样硬化(AS)作为心血管疾病的主要病理基础,每年导致全球超1800万人死亡,其本质是脂质沉积与慢性炎症共同驱动的血管病变。尽管已知免疫细胞浸润是斑块进展的核心环节,但调控这一过程的关键基因网络仍不明确。尤其令人困惑的是,自然杀伤细胞(NK细胞)表面受体KLRD1(又称CD94)在AS中的作用机制长期未被阐明——它如何通过HLA-E分子识别影响免疫微环境?能否成为预测斑块稳定性的生物标志物?这些问题直接关系到AS精准诊疗策略的开发。
山东大学齐鲁医院心血管团队联合青岛市即墨区人民医院,通过多组学整合分析揭开了这一谜题。研究人员首先从GEO数据库获取AS患者与健康对照的转录组数据(GSE43292为训练集,GSE9820为验证集),利用limma包筛选出2798个差异表达基因(DEGs)。为锁定核心靶点,团队创新性地采用三重机器学习算法:Lasso回归压缩无关变量,SVM-RFE(支持向量机递归特征消除)优化分类器性能,随机森林(Random Forest)评估基因重要性。这一组合策略最终鉴定出23个枢纽基因,其中KLRD1因与免疫通路的高度关联性成为研究焦点。
关键实验技术
研究通过CIBERSORT算法量化22种免疫细胞浸润水平,结合ESTIMATE评估整体免疫微环境;采用GSEA和GSVA解析KLRD1相关通路的富集特征;利用ROC曲线(AUC指标)验证诊断模型的准确性;构建miRNA-lncRNA调控网络揭示表观遗传机制。所有分析均基于R语言(v4.1.0)完成。
KLRD1的免疫调控特征
在AS患者中,KLRD1高表达组显著激活JAK-STAT信号通路(hsa04630)和T细胞受体通路(hsa04660),其共表达基因如GZMB(颗粒酶B)、CCL5(趋化因子)均参与细胞毒性反应。免疫浸润分析显示,KLRD1水平与浆细胞(r=0.42)、活化树突细胞(r=0.38)呈正相关,而与静息CD4+ T细胞(r=-0.31)负相关,提示其可能通过重塑免疫细胞平衡促进斑块炎症。
诊断模型验证
基于23个枢纽基因(含SF3B3、LGALS3BP等)的预测模型在独立队列中表现优异:KLRD1的AUC达0.741,而代谢相关基因NDFIP1更高(AUC=0.794)。值得注意的是,KLRD1调控网络中的hsa-miR-186-5p等10种miRNA与RP11-326C3.10等61种lncRNA构成ceRNA(竞争性内源RNA)网络,可能通过表观遗传机制放大其效应。
讨论与展望
该研究首次阐明KLRD1通过“NK细胞活化-细胞因子释放-单核细胞募集”轴加剧AS进展,其诊断价值超越传统标志物如C反应蛋白。局限性在于尚未明确KLRD1基因多态性是否影响AS易感性。作者建议未来研究可结合单细胞测序解析KLRD1+ NK细胞的时空分布特征,并探索靶向CD94/NKG2A受体的免疫疗法。这一发现为理解AS的免疫代谢异常提供了新视角,相关成果已申请青岛市科技计划项目(25-1-5-smjk-9-nsh)支持。
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