刚果（金）东部住院患者中猴痘病毒分支Ib病变的宏基因组测序揭示潜在细菌与病毒共感染

本研究通过宏基因组测序技术（Nanopore）对刚果（金）东部19例住院猴痘（MPXV）患者的皮肤病变拭子进行分析，首次系统揭示了猴痘病毒分支Ib（clade Ib）感染背景下细菌性皮肤软组织感染（SSTI）病原体（如Elizabethkingia meningoseptica、Staphylococcus aureus）及病毒共感染（如VZV、HSV-2）的流行特征，同时检测到高丰度抗菌素耐药基因（ARGs），为资源有限地区的精准诊疗和抗生素管理（AMR）提供了关键数据。

　　

ABSTRACT
猴痘（Mpox）作为一种新发人兽共患病，两年内两次引发国际关注的公共卫生紧急事件。然而，关于猴痘病变中微生物互作的认知仍有限。本研究采用慢速离心与差异裂解相结合的宏基因组测序方法，对刚果（金）南基伍省住院患者的19份猴痘病变拭子进行分析，成功获取高质量猴痘病毒全基因组序列（Ct值≤27时仍可测序），并检测到水痘带状疱疹病毒（VZV）、单纯疱疹病毒2型（HSV-2）等临床相关病毒的共感染。细菌分析显示，10份样本中存在与皮肤软组织感染相关的病原菌，且携带大量耐药基因，可能影响基于预测的抗菌治疗方案。

INTRODUCTION
猴痘病毒（MPXV）是痘病毒科的双链DNA病毒，1970年首次在人类中发现，临床表现为发热、淋巴结肿大和疱疹样皮疹。MPXV传统上分为高致死率的clade I和症状较轻的clade II。近期在刚果（金）东部出现的clade Ib分支已扩散至多国，主要通过性接触传播，尤其影响男男性行为者（MSM）和性工作者（PSW）。当前疫情暴发于医疗基础设施薄弱的地区，亟需建立病原体广谱检测能力。

MATERIALS AND METHODS
研究通过伦理审查后，采集南基伍省多个卫生区的患者病变拭子，经GeneXpert检测MPXV阳性后，采用慢速离心（1,200×g）、皂苷裂解和渗透压处理的联合方法去除人源核酸干扰。核酸经单引物随机扩增（SISPA）后，使用纳米孔PromethION平台测序。数据分析采用KrakenTools物种注释、KMA耐药基因鉴定及系统发育分析。

RESULTS

1. 样本特征：19例患者中4例为未成年人，职业分布显示6例为矿工、6例为PSW。测序平均产出2.47 Gbp/样本，20.13%读长归属细菌，29.64%归属病毒。
2. 细菌特征：10例样本检出SSTI相关菌，如Elizabethkingia meningoseptica（覆盖度>97%，深度>65×）、金黄色葡萄球菌（ST5型）等，共发现45种ARGs，预测显示标准治疗方案（头孢曲松+氯唑西林）对多数菌株可能无效。
3. 病毒特征：16例获近完整MPXV基因组（Ct≤27），系统发育显示与2024年南基伍省流行株高度同源。共检出VZV（2例）、HSV-2（1例）及普遍存在的TTV病毒。

DISCUSSION
研究证实宏基因组测序在资源匮乏地区可同步实现病原体监测与耐药性预测。检出的SSTI病原体可能加重病情，而VZV与MPXV的临床鉴别挑战在儿童中尤为突出。局限性在于缺乏细菌培养验证，未来需结合前瞻性随访。该成果为优化猴痘合并感染的治疗策略提供了分子依据。

ACKNOWLEDGMENTS
感谢欧盟EDCTP3计划（101195116 JUA KIVU）和英国MRC-UKRI（MC_PC_24001）的资助支持。