法国城市公园褐家鼠中分离的α冠状病毒全基因组测序及其跨洲传播进化分析

来自法国的研究团队通过高通量测序技术，首次报道了2022年马赛市褐家鼠(Rattus norvegicus)肠道中检测到的α冠状病毒(Alphacoronavirus)全基因组序列(28,665bp)。该病毒与2013-2017年中国鼠源毒株(MW802582/NC_032730)基因组相似性达97%以上，证实了Luchacovirus亚属冠状病毒在欧亚大陆的广泛传播，为研究人兽共患病(HCoV-HKU1/OC43)的啮齿动物起源提供了重要线索。

　　

科学界首次揭秘法国城市鼠群中的神秘病毒！研究人员在马赛市公园捕获的褐家鼠(Rattus norvegicus)肠道样本中，发现了一种属于α冠状病毒(Alphacoronavirus)家族的新成员。通过先进的Illumina NovaSeq测序平台(2×150bp)和生物信息学分析，成功拼凑出这条长达28,665个碱基的病毒基因组，其GC含量为40.4%。

令人惊讶的是，这个被命名为PV107114的法国毒株，与中国2013-2017年分离的鼠源冠状病毒(MW802582/NC_032730)堪称"孪生兄弟"，基因组相似性高达97%以上。系统进化分析显示，它们同属于专门感染啮齿动物的Luchacovirus亚属。研究人员采用GTR+G+I模型构建的最大似然法进化树，以1000次bootstrap重复验证了该结论。

这项研究不仅填补了欧洲地区鼠源冠状病毒全基因组数据的空白，更揭示了这类病毒跨越欧亚大陆的强大传播能力。考虑到人类冠状病毒HCoV-HKU1和HCoV-OC43可能起源于鼠类，监测城市鼠群中的冠状病毒动态显得尤为重要。实验采用NucleoSpin RNA Mini Kit提取病毒RNA，并通过特异性引物PanCov Pol 15197-Forward/15635-Reverse扩增RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)基因，为后续研究提供了可靠的技术路线。

该发现犹如拼上了人兽共患病研究版图的关键一块，提醒着人类：在城市化进程加速的今天，那些穿梭于公园角落的褐家鼠，可能是潜在病毒"储藏库"的活跃搬运工。