猪源罗伊氏乳杆菌C4株基因组测序分析：揭示益生潜力的肠道原生菌株

来自南非农业研究委员会的研究人员针对猪肠道原生菌株Limosilactobacillus reuteri C4开展基因组测序研究，通过Illumina MiSeq平台获得2.1 Mb基因组草图（GC含量43.71%，N50 35,167 bp），鉴定出2,012个编码基因及54个RNA。该研究通过抗逆基因（如耐酸、耐胆盐）和次级代谢产物分析，为开发动物肠道健康益生菌制剂提供了分子基础。

　　

这项研究聚焦于从猪回肠分离的罗伊氏乳杆菌(Limosilactobacillus reuteri)C4株，这种天然定植于动物胃肠道的乳酸菌因其益生特性备受关注。研究团队采用Illumina MiSeq平台进行双端测序(2×150 bp)，经SPAdes组装获得包含113个contigs的2.1 Mb基因组草图，GC含量为43.71%，覆盖度达813.65倍。

通过CheckM评估显示基因组完整度96.22%，污染率仅3.78%。注释分析揭示2,012个蛋白质编码基因和54个RNA（含51个tRNA）。特别值得注意的是，AntiSMASH分析发现了与益生功能相关的基因簇，包括耐酸(acid tolerance)、耐胆盐(bile salt tolerance)、上皮细胞粘附(adhesion)等关键性状的遗传基础。

实验流程严格规范：样本采集自南非猪场(25°53′59.6″S)，通过MRS培养基厌氧培养，使用Zymo Research试剂盒提取DNA。生物信息学分析采用FastQC质控、Trimmomatic过滤(Phred30阈值)，QUAST统计显示N₅₀为35,167 bp。这些数据为理解该菌株在动物肠道中的适应性进化提供了分子视角，其抗氧化物质合成基因的发现尤其具有产业化应用潜力。

研究获得南非农业部的资金支持(项目号API012403000048)，所有分析软件均采用默认参数以确保结果可比性。这项基因组草图不仅填补了猪源益生菌株的遗传信息空白，更为开发新型饲用益生菌制剂奠定了理论基础。