鹌鹑肠道疾病暴发的病毒组学分析：δ冠状病毒与细小病毒作为潜在致病因子

为解决鹌鹑养殖中高致死性肠炎的病原学问题，研究人员通过宏基因组测序技术（NGS）对三个农场暴发的病例展开病毒组分析，发现δ冠状病毒（DCoV）、细小病毒（Anativirus）和Chaphamaparvovirus的共感染现象，首次报道了鹌鹑Chaphamaparvovirus的存在。该研究揭示了传统诊断方法可能遗漏的病毒多样性，为禽类肠道疾病的防控提供了新视角，成果发表于《Animal Microbiome》。

　　

鹌鹑养殖因生长快、饲料转化率高而备受青睐，但集约化养殖中肠道疾病频发，尤其是幼鸟高死亡率问题长期困扰产业。传统诊断常聚焦单一病原，而混合感染与未知病毒的潜在作用被低估。此前研究显示，γ/δ冠状病毒（DCoV）和细小病毒（Anativirus）可能与鹌鹑肠炎相关，但其致病机制及与其他病毒的协同效应尚不明确。

斯洛文尼亚兽医研究所等机构的研究团队通过宏基因组测序（NGS）分析了三个鹌鹑农场的肠道病毒组，发现DCoV和Anativirus在所有暴发中均占主导，而Chaphamaparvovirus首次在鹌鹑中检出。研究揭示了这些病毒的基因组特征与进化关系，为理解禽类肠道疾病的多病原协同机制提供了关键证据，成果发表于《Animal Microbiome》。

研究采用NGS技术对鹌鹑泄殖腔拭子样本进行RNA/DNA双文库构建，通过Ion PGM平台测序，使用SPAdes软件组装病毒基因组，结合MEGAN6进行物种注释。系统发育分析基于MAFFT比对和PhyML最大似然法，重点解析了DCoV的ORF1ab和S基因、Anativirus的多聚蛋白及Chaphamaparvovirus的NS1基因的进化地位。

病毒组分析
样本中病毒reads占比0.6%-33.5%，DCoV相对丰度最高（45.94%-97.2%），Anativirus次之（2.57%-9.8%）。Chaphamaparvovirus仅在一个农场检出，但丰度高达42.04%。腺病毒（Adenoviridae）等低丰度病毒呈零星分布，表明DCoV和Anativirus可能是核心病原。

冠状病毒特征
三个鹌鹑DCoV毒株（quailDCoV628/15、56/18、70/18）基因组结构典型，ORF1ab与S基因与已知鹌鹑毒株相似性达94.42%-88.98%。系统发育树显示其独立分支，支持宿主特异性进化，提示DCoV可能是肠炎主要驱动因素。

细小病毒与Chaphamaparvovirus
Anativirus毒株多聚蛋白与鹌鹑参考毒株相似性93.40%-95.97%，而Chaphamaparvovirus NS1基因与雉鸡毒株仅69.28%同源性，可能代表新物种。两者共存暗示混合感染可能加剧疾病。

研究证实DCoV和Anativirus是鹌鹑肠炎暴发的主要病原，首次报道的Chaphamaparvovirus扩展了禽类病毒库。尽管病毒共存与疾病严重性的因果关系需进一步验证，但宏基因组方法显著提升了复杂病原的检出能力。该研究为禽类肠道疾病的精准防控提供了理论依据，并强调未来需结合健康群体比较以明确病毒致病阈值。