基于SSR与SNP标记的藏红花遗传多样性及群体结构比较分析

为解决藏红花(Carthamus tinctorius L.)这一未被充分开发的油料作物遗传资源匮乏的问题，来自印度国家基因库的研究人员利用18个SSR和7379个SNP标记对184份种质资源进行遗传分析。研究发现SSR标记多态性达95%，平均等位基因数44个；SNP标记则更有效揭示群体结构，AMOVA显示SNP标记的群体间变异(3%)高于SSR(2%)。该研究为藏红花种质资源管理和分子育种提供了重要依据。

　　

藏红花(Carthamus tinctorius L.)作为具有重要经济价值的特色油料作物，其基因组研究长期处于滞后状态。科研团队采用双标记系统——18个简单序列重复(SSR)和7379个单核苷酸多态性(SNP)，对印度国家基因库珍藏的184份藏红花种质展开深度解析。

令人惊叹的是，SSR标记展现出惊人的多态性潜力：95%的位点具有多态性，平均每个标记检测到44个等位基因，基因多样性指数高达0.96。相比之下，SNP标记虽在基因多样性(0.41)和多态信息含量(PIC=0.32)数值上略显保守，却在群体结构解析中展现出独特优势。

群体结构分析呈现有趣分歧：SSR标记勾勒出3个亚群，而SNP标记则明确区分出2个主要群体。主坐标分析(PCoA)图谱生动显示，SNP标记能清晰呈现群体间界限及混合个体，SSR标记则难以展现这种微妙的群体分化。分子方差分析(AMOVA)数据更印证了这一发现——SNP标记检测到的群体间变异(3%)显著高于SSR标记(2%)。

这项研究不仅揭示了藏红花种质资源的遗传本底，更通过标记系统比较为作物分子育种提供了重要启示：SNP标记在群体结构解析方面具有独特优势，而SSR标记则更擅长展现位点多态性。这些发现为制定科学的种质保存策略和设计高效育种方案提供了分子层面的决策依据。