二维分析：二维空间中脂质膜与生物聚合物分析工具箱

生物膜动态环境中脂质分布影响膜特性及生物分子相互作用，将膜和生物聚合物生物物理与结构特性投射至二维平面可量化分子特征。研究人员开发 “2Danalysis” 工具盒（基于开源 MDAKit 框架），含膜和生物聚合物两个模块，案例研究显示其具多功能性，助力二维界面相互作用研究。

　　

2Danalysis：二维空间中脂质膜与生物聚合物分析工具箱

重要性：2Danalysis 为平面界面处膜与生物聚合物模拟的系统分析作出重要贡献。其在开源 MDAKit 框架下开发，可高效分析轨迹，并提供多种工具将生物物理特性投射至二维平面。这些功能增强了膜特性（如序参数）时空变化的可视化，通过分析二维界面处的吸附和限制机制，支持生物聚合物 - 表面相互作用研究。用户可自定义该工具盒，以研究分子模拟中的复杂二维现象。

摘要：分子模拟拓展了我们了解生物分子相互作用的能力。由具有不同物理化学性质的多种脂质组成的生物膜，是参与细胞功能的高度动态环境。蛋白质、核酸、聚糖和生物相容性聚合物是细胞质和脂质膜界面处细胞过程的 “机器”。脂质种类直接调节膜特性，并影响其他生物分子的相互作用和功能。自然分子扩散导致局部脂质分布变化，进而影响膜特性。将膜和生物聚合物的生物物理与结构特性投射到二维平面，有助于在降维空间中量化分子特征，以识别感兴趣界面（即膜表面或生物聚合物 - 表面界面）的相关相互作用。本文介绍了一个旨在将膜和生物聚合物特性投射到二维平面的工具盒，以表征脂质 - 脂质和脂质 - 生物聚合物界面的相互作用模式和空间相关性。该工具盒包含使用 MDAKit 架构实现的两个模块，一个用于膜，一个用于生物聚合物，可独立或结合使用。三个案例研究通过 GitHub 上的详细教程展示了该工具盒的多功能性。该工具盒和教程将定期更新其他功能和解决方案，以扩展我们对二维生物分子结构 - 功能关系的理解。