基于T-Plex ARMS PCR技术鉴定马来西亚高价值淡水鱼Tor tambroides抗Pseudomonas koreensis的SNP标记及其育种应用

本研究针对马来西亚高经济价值淡水鱼Tor tambroides（俗称empurau）频发的Pseudomonas koreensis感染问题，通过全基因组Pool-Seq筛选和T-Plex ARMS PCR验证，成功鉴定出19,564 G/C等与抗病性显著相关的SNP标记。该成果为抗病种质选育提供了分子基础，可减少抗生素滥用导致的耐药性风险，对水产养殖可持续发展具有重要意义。

　　

在东南亚水产养殖业中，马来西亚高价值淡水鱼Tor tambroides（当地称empurau）因其独特肉质备受追捧，但频繁爆发的Pseudomonas koreensis感染导致大规模死亡，造成重大经济损失。传统抗生素治疗不仅加剧抗菌素耐药性(AMR)危机，还可能通过食物链威胁人类健康。面对这一困境，马来西亚砂拉越大学的研究团队创新性地将基因组学技术与分子育种相结合，通过全基因组Pool-Seq和T-Plex ARMS PCR技术鉴定出关键抗病SNP标记，相关成果发表于《Aquaculture International》。

研究团队首先对经LD₅₀剂量处理的Tor tambroides进行分组（抗病组RG和易感组SG），采用全基因组Pool-Seq技术获得1,048,576个SNP，通过F_ST检验、CMH检验和Fisher精确检验筛选候选位点。随后开发T-Plex ARMS实时PCR技术（结合四引物ARMS PCR、SYBR Green I荧光和熔解曲线分析）对5个候选SNP进行验证，并通过Sanger测序确认基因型。

主要研究结果

1. SNP标记筛选：全基因组分析发现过渡型SNP（如G/A、C/T）占比达60%，显著高于颠换型。通过三重检验（F_ST>0.12，p<1.0×10^-9）筛选出19,564 G/C等5个候选位点，其中19,564 G/C在RG中GG基因型频率显著高于SG（16:4 vs 4:13，p=0.000907）。

2. 功能注释：

• 6151 C/T位于含DUF5401和B-box锌指结构域的基因内，与泛素连接酶TRIM35相关；
• 112,388 G/A编码α2C肾上腺素受体，涉及cGMP-PKG信号通路；
• 19,564 G/C位于ZSCAN转录因子邻近区域，可能通过调控DNA甲基化影响抗病性。

1. 技术验证：T-Plex ARMS PCR成功区分等位基因特异性熔解峰（如19,564 G/C的GG型79°C vs CC型72°C），与Sanger测序结果一致率100%。

研究意义
该研究首次在Tor tambroides中建立抗Pseudomonas koreensis的分子标记体系，其中19,564 G/C SNP可作为抗病育种的可靠标记。通过整合基因组选择技术，有望培育抗病品系，减少抗生素使用。特别值得注意的是，发现的SNP多位于非编码区（如内含子或基因间区），提示其可能通过调控基因表达影响抗病性状，为后续机制研究提供新方向。这项成果不仅推动马来西亚特色水产的可持续发展，也为其他经济鱼类的抗病育种提供了技术范式。