猴痘病毒I分支演化研究：突变动态与系统发育分析揭示公共卫生防控新靶点

为应对猴痘病毒(MPXV) Clade I在2023年再度流行并首次入侵印度的公共卫生危机，研究者通过126株全基因组测序数据，解析了I/Ia/Ib分支的遗传多样性、APOBEC3型突变特征（Ia突变率39.88% vs Ib 39.25%）及系统发育关系。时间校准进化树揭示关键历史分化节点，为疫苗研发和分子诊断提供进化框架，成果发表于《Computational Biology and Chemistry》。

　　

猴痘病毒(MPXV)从非洲地方性流行病演变为全球威胁的进程中，2023年Clade I分支在印度首例报告引发警报。这一分支不仅具有10-11%的高致死率，其APOBEC3驱动的突变机制更可能加速病毒适应人类宿主。维尔洛尔理工学院的研究团队通过追踪Clade I/Ia/Ib的进化轨迹，揭示了影响全球防控策略的关键分子机制。

研究采用GISAID数据库126株Clade I全基因组，通过MAFFT v6.240多序列比对构建最大似然进化树，结合BEAST v1.10.4进行时间校准系统发育分析，并利用Datamonkey平台检测正向选择位点。样本涵盖刚果民主共和国等流行区及印度新发案例。

Genome Sequence Collection and Phylogenetic Analysis
通过全球MPXV Clade I基因组比对发现，Ia分支APOBEC3型胞嘧啶脱氨酶诱导的突变显著高于Ib分支（39.88% vs 39.25%），提示宿主免疫压力差异驱动分支特异性进化。

Phylogenetic analysis
系统发育树显示Clade I位于进化基部，Ia/Ib形成独立聚类。时间节点分析表明，分支分化与中非地区公共卫生事件存在时空关联，支持流行病学传播假说。

Discussion
研究发现Clade I保留祖先特征，而Ia/Ib通过遗传漂变而非强适应性选择分化。Ia更高的APOBEC3突变负荷暗示其面临更强宿主免疫压力，这对疫苗靶点保守性预测具有重要价值。

Conclusion
该研究首次阐明MPXV Clade I亚分支的分子时钟特征，确认APOBEC3编辑是主要进化驱动力。成果为建立基于突变热点的早期预警系统，以及开发针对Clade I特异性诊断标记物提供理论依据。维尔洛尔理工学院团队强调，监测Ia分支的持续突变积累对防范下一次跨洲传播至关重要。