二聚体双苯并咪唑类化合物对不同核苷酸组成DNA AT序列的特异性结合研究

来自未知机构的研究人员针对DNA小沟配体结合特异性问题，通过DNAase I足迹法系统研究了DB2(n)、DB2P(n)和DB2Py(n)三类二聚体双苯并咪唑化合物。研究发现所有化合物均特异性结合AT富集区，其中DB2Py(n)对TTTT模体展现显著偏好，该成果为靶向DNA药物设计提供了新思路。

　　

这项研究深入解析了三种结构改良的二聚体双苯并咪唑化合物与DNA的相互作用机制。科研团队采用DNAase I足迹法(DNAase I footprinting)这一经典技术，对DB₂(n)、DB₂P(n)和DB₂Py(n)系列化合物展开系统研究。这些分子均以Hoechst 33342为结构基础进行改造：DB₂(n)和DB₂P(n)通过去除疏水性乙氧基苯酚核心并引入亲水性氨基亚甲基基团优化性质；DB₂Py(n)则创新性地引入吡咯甲酰胺基团——这正是AT特异性抗生素纺锤菌素(netropsin)的关键结构单元。

实验数据揭示，所有测试化合物都展现出对AT富集DNA序列的"情有独钟"。有趣的是，DB₂P(n)和DB₂(n)对(AATT)₃和TTTT序列表现出"一见钟情"般的强亲和力，而DB₂Py(n)则对TTTT模体展现出"专属VIP待遇"。值得注意的是，这些分子都"傲娇"地拒绝与少于四个AT碱基对的序列结合。这些发现生动诠释了结构修饰如何像"分子雕刻刀"般精准调控DNA结合特性，为开发靶向特定DNA序列的"分子手术刀"提供了重要理论依据。