病原体种群测序新理论：揭示Burkholderia pseudomallei和Staphylococcus aureus的进化传播机制

【编辑推荐】来自国际团队的研究人员针对细菌种群多样性表征难题，开发了无需单克隆培养的混合样本测序理论，通过Burkholderia pseudomallei肺部感染和Staphylococcus aureus跨宿主传播案例，首次实现通过群体测序(PopSeq)解析系统发育多样性，为病原体进化、传播路径追踪及耐药性研究提供全新工具。

　　

病原体基因组的种群多样性（Population diversity）是驱动进化与适应的底层引擎，更是追溯传播链的"分子指纹"。传统方法需耗费大量时间培养单克隆菌落（isogenic colonies），而混合样本测序虽能检测变异位点，却无法还原单倍型（haplotype）关联模式。这项研究构建了突破性理论框架：仅需对混合样本（如患者痰液）进行群体测序（Population sequencing），结合少量单克隆测序，即可解析种群系统发育结构（phylogenetic structure）。

以类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei）为例，痰液群体测序显示其肺部种群存在显著分层现象（structured population），暗示痰液采样或能非侵入性反映肺部微生态。而对金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）的跨宿主追踪更惊艳——通过群体变异谱成功重建传播方向性，甚至精确到同一宿主不同身体部位间的迁徙路径。这项技术将革新传染病防控策略，为耐药基因传播、疫苗靶点筛选等研究提供显微镜级分辨率。