基于选择清除分析鉴定里岔黑猪免疫相关候选基因（LYVE1/CFAP54/SMYD4/SEC63）及其功能变异位点

为解决地方猪种免疫机制解析不足的问题，青岛农业大学团队通过检测里岔黑猪血清IgA/IgG/IgM及IFNγ/IL4/IL12等免疫指标，结合基因组选择清除分析，鉴定出LYVE1、CFAP54、SMYD4、SEC63等关键基因及其非同义突变位点，揭示了基因型频率与免疫表型的显著关联，为抗病育种提供新靶点。

　　

在全球化养殖背景下，猪群疫病防控已成为制约产业发展的关键瓶颈。中国作为世界最大的生猪生产国，拥有丰富的地方猪种资源，其中里岔黑猪以其卓越的粗饲适应性和抗逆性著称，但其免疫遗传机制尚未阐明。青岛农业大学的研究团队在《Gene》发表的研究，通过整合基因组学与免疫表型分析，为解析这一科学问题提供了突破性进展。

研究采用耳组织DNA全基因组测序（平均深度10×）结合ELISA法检测56头健康里岔黑猪的6项免疫指标（IgA、IgG、IgM、IFNγ、IL4、IL12），基于指标分布特征进行分组后，运用F_ST和π比值法开展选择清除分析，并通过KEGG/GO富集解析候选基因功能。

【Sample collection and DNA sequencing】
研究从青岛胶州里岔黑猪保种场采集56头3-4月龄健康个体样本，经质控后获得合格基因组数据，为后续分析奠定基础。

【Statistical analysis of immunological indicators】
免疫指标检测显示IgG与IgM呈强正相关（r=0.82），而IFNγ与IL12呈负相关（r=-0.43）。IgA、IFNγ、IL4和IL12符合正态分布（偏度/峰度绝对值<1），支持后续分组合理性。

【Discussion】
选择清除分析发现4个关键基因：LYVE1（淋巴管透明质酸受体，参与抗原提呈）、CFAP54（纤毛运动相关）、SMYD4（组蛋白甲基转移酶）和SEC63（内质网蛋白转运体）。这些基因非同义突变位点的基因型频率在高低免疫组间差异显著（P<0.01），且不同基因型个体间IgA、IFNγ水平存在显著分层。

【In conclusion】
该研究首次在基因组层面揭示里岔黑猪免疫调控的遗传基础，发现SMYD4可能通过表观遗传调控影响干扰素表达，而SEC63变异与内质网应激应答相关。研究成果不仅为地方猪种抗病育种提供分子标记，也为比较免疫学研究开辟新视角。