SARS-CoV-2 E蛋白离子通道构象动态模拟与笼状化合物抑制剂的分子设计研究

为解决冠状病毒E离子通道抑制剂活性不足的问题，研究人员通过分子动力学(MD)模拟和分子对接技术，优化了SARS-CoV-2 E蛋白五聚体结构并筛选出新型笼状化合物抑制剂。该研究阐明了配体-通道内腔相互作用机制，为抗病毒药物设计提供了新策略。

　　

这项研究聚焦SARS-CoV-2病毒的关键毒力因子——E蛋白离子通道，采用分子动力学模拟(Molecular Dynamics, MD)技术揭示了其五聚体在天然环境中的动态构象变化。通过精确优化通道孔隙结构，科研团队将其确定为笼状化合物(cage compounds)的特异性结合位点，并运用分子对接(molecular docking)筛选出系列潜在抑制剂，包括金刚烷胺(amantadine)衍生物。

长达纳秒级的MD模拟显示，这些抑制剂能稳定结合于通道内腔，主要通过疏水相互作用和空间位阻效应发挥作用。研究不仅建立了E蛋白配体设计的计算生物学框架，更首次系统阐释了配体-通道相互作用模式，为开发靶向冠状病毒离子通道的新型抗病毒药物提供了关键理论依据。值得注意的是，该方法学可拓展应用于其他包膜病毒离子通道抑制剂的开发。