拟南芥N-Myc下调类似蛋白-1(NDL1)的蛋白互作与系统发育保守性计算解析

本研究聚焦拟南芥N-Myc下调类似蛋白(NDL)家族，通过计算生物学手段解析NDL1蛋白的互作网络与进化保守特征。研究人员采用系统发育分析、保守基序鉴定结合同源建模与分子对接技术，发现NDL1的40-50和135-170区域为蛋白互作热点，揭示了该家族在植物应激信号传导中的跨物种保守机制，为植物G蛋白偶联信号网络研究提供新视角。

　　

在植物王国中，N-Myc下调类似蛋白(N-Myc downregulated-like, NDL)作为α/β水解酶折叠(α/β-hydrolase-fold)超家族成员，与G蛋白亚基形成互作搭档，共同调控植物应对生物与非生物胁迫的信号传导网络。拟南芥(Arabidopsis thaliana)中鉴定的三个NDL成员(NDL1-3)里，NDL1的互作组学分析显示其能与多种功能蛋白结合，暗示该蛋白可能是信号枢纽。

最新研究通过跨物种系统发育树构建和保守基序挖掘，揭示了NDL蛋白在苔藓到被子植物中惊人的序列保守性。运用MODELLER软件构建的同源模型配合分子对接实验，意外发现NDL1三维结构上两个关键区域——40-50位氨基酸构成的"分子开关"和135-170位形成的"互作沟槽"，可能是招募不同信号分子的通用结合平台。这些发现不仅为理解植物逆境响应机制提供了结构基础，更暗示了NDL家族在进化过程中可能保留了古老的蛋白互作"分子语法"。