综述:细胞异质性的系统观:解锁“命运之轮”

【字体: 时间:2025年06月05日 来源:Cell Systems 9.0

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  这篇综述从系统生物学视角解析细胞异质性的本质,提出将细胞视为微环境信号驱动的“输入-输出”装置(hPSC),其内部生化网络通过随机性“命运之轮”决定分化路径。作者整合单细胞技术(scRNA-seq)和合成生物学工具,以人多能干细胞培养和β细胞分化为例,为发育生物学和再生医学提供可预测性研究框架。

  

Summary

系统生物学将细胞定义为微环境信号驱动的“处理器”——其内部生化网络通过整合外部输入信号,输出特定的细胞命运决策。单细胞技术的突破揭示了表观同质群体中隐藏的异质性本质:这种差异既可能源于技术噪音,更可能是细胞自主的随机性“命运之轮”所致。通过构建“输入-概率输出”模型,研究者系统梳理了捕获异质性的工具集,包括单细胞转录组(scRNA-seq)、活细胞成像和合成基因电路。

Graphical abstract

核心理论形象化为三重动态层级:微环境信号(如生长因子)作为输入层,细胞内部网络(如Wnt/β-catenin通路)作为处理层,最终通过表观遗传噪声(如H3K27me3
波动)驱动多稳态输出。其中hPSC培养案例显示,即使标准化培养条件下,FGF2信号梯度仍会导致OCT4+
/NANOG+
亚群比例波动;而β细胞分化研究中,PDX1high
前体细胞通过Notch-Dll4侧向抑制形成盐胡椒式分布模式。

案例解析

hPSC培养异质性
人多能干细胞(hPSC)群体中存在自发分化为原始内胚层(GATA6+
)或神经外胚层(SOX2+
)的倾向性。单细胞RNA测序揭示,这种倾向性与线粒体代谢(OCR/ECAR比值)和HIF1α-EPO通路活性呈强相关性,提示能量代谢重编程可能是命运决定的早期驱动力。

β细胞分化瓶颈
胰腺祖细胞(PDX1+
/NKX6.1+
)向功能性β细胞的转化效率不足30%。合成生物学工具(如光控CRISPRa系统)证实,MAFA表达脉冲式波动会显著影响胰岛素(INS+
)分泌颗粒的成熟度,这种动态不稳定性与内质网(ER)应激标记物BiP/CHOP的表达振荡直接相关。

未来展望

通过工程化微环境(如微流控梯度芯片)耦合机器学习预测模型,有望实现hPSC分化命运的定向控制。该框架对肿瘤干细胞(CSC)耐药性研究同样具有启示——化疗压力可能重塑“命运之轮”的概率分布,而非完全消除恶性克隆。

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