早期乳腺癌循环肿瘤DNA检测新突破：基于表观遗传学的肿瘤无关性评估揭示甲基化MRD的优越性

本研究针对早期乳腺癌(EBC)术后分子残留病(MRD)检测中基因组方法(gMRD)因克隆性造血不确定潜能(CHIP)干扰导致的局限性，创新性采用高灵敏度甲基化MRD(mMRD)检测技术。通过对95例ER+/HER2-和三阴性乳腺癌(TNBC)患者290份血浆样本的对比分析，发现mMRD基线检出率达72.5%，术后检测对无事件生存期(EFS)的预测具有17倍风险比(HR)和100%特异性，显著优于经CHIP过滤优化的gMRD方法。该研究为肿瘤无关性液体活检技术提供了重要循证依据，发表于《ESMO Open》。

　　

在早期乳腺癌治疗领域，术后分子残留病(MRD)的精准检测一直是临床难题。传统基于基因组变异(gMRD)的"肿瘤无关性"检测方法面临重大挑战——高达80%的阳性结果实际源自克隆性造血不确定潜能(CHIP)的干扰，这些造血系统突变会伪装成肿瘤信号，导致特异性骤降。更棘手的是，固定panel的癌症驱动基因检测在早期乳腺癌中敏感性不足，而肿瘤组织依赖性检测又受限于样本可及性。这种困境促使科学家将目光转向表观遗传学领域，DNA甲基化作为肿瘤特异性标志物，能否突破现有技术瓶颈？

来自加拿大多伦多玛格丽特公主癌症中心的研究团队开展了一项开创性研究，他们采用Guardant Reveal? mMRD检测技术，对95例接受新辅助化疗的ER+/HER2-和三阴性乳腺癌(TNBC)患者进行纵向监测，共分析290份血浆样本。这项研究首次系统比较了甲基化与基因组两种肿瘤无关性MRD检测方法的性能差异，相关成果发表在肿瘤学权威期刊《ESMO Open》。

研究团队运用三项关键技术：1) 基于Guardant Infinity?平台的753基因靶向测序，同步获取基因组和甲基化数据；2) 创新性CHIP热点序列motif分析，通过三核苷酸特征区分体细胞突变与CHIP变异；3) 多维度生物信息学过滤策略，包括变异等位基因频率(VAF)阈值优化、乳腺癌特异性24基因panel(BC24)筛选等。所有样本来自LIBERATE前瞻性队列(NCT03702309)，随访至2024年6月。

【基线mMRD检测展现预后价值】
研究显示，基线期mMRD检出率达72.5%(67/93)，与肿瘤大小显著相关。值得注意的是，基线阳性患者复发风险增加9.4倍(HR 9.4, P=0.0075)，且能增强残余肿瘤负荷(RCB)评分的预测效能。在ER+亚型中，mMRD展现出100%的敏感性，但TNBC仅91%，揭示不同分子分型间的检测差异。

【术后mMRD具有确定性预测力】
纵向监测发现，术后mMRD阳性与17倍的复发风险相关(P<0.0001)，阳性预测值达100%。尤其值得注意的是，中位领先时间达152天，最长达748天。在ER+患者中，所有8例术后mMRD阳性者均复发，而TNBC仅25%的复发患者被检出，提示检测灵敏度受分子亚型影响。

【gMRD优化仍难达理想标准】
通过逐步优化gMRD定义——包括基因panel限制、VAF>0.82%阈值、基线信息整合和CHIP motif过滤(P<0.05)，最终方案虽将HR提升至6.4(P<0.0001)，但敏感性仅35%，远逊于mMRD。三核苷酸特征分析揭示，mMRD阳性样本富含APOBEC特征(C>T/G at TCW)，而CHIP变异以CpG位点C>T为主，证实表观遗传标记的肿瘤特异性优势。

【甲基化检测的临床转化前景】
这项研究确立了甲基化MRD在早期乳腺癌监测中的优越地位。其核心价值在于：1) 突破CHIP对基因组检测的限制；2) 提供较影像学平均5个月的复发预警窗口；3) 为无法获取肿瘤组织的患者提供替代方案。特别在ER+亚型中，mMRD展现出近乎完美的预测特性，尽管TNBC的检测灵敏度提示仍需技术优化。研究者强调，这种肿瘤无关性检测策略将极大扩展液体活检的适用人群，为术后干预临床试验提供可靠分子工具。

值得注意的是，该研究也存在COVID-19疫情导致的采样间隔不均、随访时间较短等局限。随着CDK4/6抑制剂等新辅助方案普及，未来需验证mMRD在新治疗时代的预测效能。但毋庸置疑，这项研究为乳腺癌精准监测树立了新标杆，其创新性的CHIP过滤策略也为基因组检测优化提供了重要参考。