多平台评估CDKN2A纯合与杂合缺失在胶质瘤中的检测效能及临床意义

为解决胶质瘤中CDKN2A缺失检测标准不统一的问题，研究人员通过NGS、FISH、IHC-p16和IHC-MTAP四平台对100例弥漫性胶质瘤样本进行综合分析，首次建立FISH检测阈值（纯合缺失23%、总体缺失39%），证实NGS与FISH一致性最高（AUC 0.937-0.980），为临床精准分型和预后评估提供方法学指导。

　　

胶质瘤作为中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤，其分子特征的精准检测对诊断和治疗至关重要。CDKN2A基因缺失已被世界卫生组织（WHO）列为IDH突变型胶质瘤升级为4级的关键指标，但临床检测面临两大难题：一是荧光原位杂交（FISH）缺乏判定纯合缺失（Homdel）和杂合缺失（Hetdel）的标准阈值，二是免疫组化（IHC）等替代方法存在假阴性风险。这种检测标准的混乱直接影响患者的风险分层和治疗决策。

为解决这一难题，来自广东三九脑科医院与南京世和基因的研究团队在《BMC Cancer》发表了一项开创性研究。他们首次系统比较了下一代测序（NGS）、FISH、IHC-p16和IHC-MTAP四种平台检测CDKN2A缺失的效能，建立了FISH的定量标准，并揭示了不同方法的适用场景。这项研究为胶质瘤的分子分型提供了重要技术规范。

研究团队收集了100例弥漫性胶质瘤患者的石蜡包埋（FFPE）组织样本，采用353基因panel（SimcereDx NeuroOnco360）进行NGS检测，同时开展FISH（9p21.3/CEP9双色探针）、IHC-p16和IHC-MTAP检测。通过ROC曲线分析确定FISH阈值，并采用Cramer's V系数评估平台间一致性。

患者特征与CDKN2A缺失分布
研究发现CDKN2A缺失在IDH野生型胶质母细胞瘤中占比最高（54.3%），且与WHO分级显著相关（p=0.003）。值得注意的是，CDKN2A与CDKN2B在胶质瘤中呈现高度共缺失现象（66/67例），这为联合检测提供了依据。

FISH阈值的确立
以NGS为金标准，研究首次提出：当FISH检测到>23%细胞呈现纯合缺失（≥1 CEP9信号且无9p21.3信号）时判定为Homdel；当总体缺失比例（Homdel+Hetdel）>39%时判定为阳性。该标准在鉴别Homdel时AUC达0.937（灵敏度82.98%，特异性98.04%），总体缺失检测AUC更达0.980。

平台间一致性分析
NGS与FISH的总体一致性最高（83/98），但FISH因探针覆盖CDKN2A/CDKN2B/MTAP三个基因（约300kb），在MTAP未缺失时可能出现假阴性。IHC-p16对Homdel检测特异性较好，但对Hetdel判读主观性强。当CDKN2A/CDKN2B/MTAP在NGS中均显示Homdel时，FISH结果100%吻合（32/32），提示三基因共缺失是FISH检测的理想指标。

双相形态的特殊现象
研究发现8例IHC呈现双相形态（同一病例中部分细胞完全缺失、部分强表达），对应NGS检测到复杂缺失模式。这种空间异质性提示单点活检可能遗漏关键分子事件，临床需警惕取材偏差。

临床意义
在IDH突变型胶质瘤中，CDKN2A Homdel使14.3%的3级病例升级为4级。研究还发现CDKN2A Hetdel与更高的基因组拷贝数变异负荷（CNV burden）相关（p=0.001），这可能解释其潜在的不良预后机制。

这项研究为胶质瘤分子诊断提供了三大核心价值：一是首次建立FISH检测CDKN2A缺失的量化标准，二是阐明不同平台的优劣（如NGS适合检测伴随突变，FISH适合批量筛查），三是揭示CDKN2B共缺失的普遍性对检测策略的影响。未来需扩大样本验证这些阈值在预后预测中的价值，并探索空间异质性对检测的影响。该成果对实现WHO分类要求的整合诊断具有重要实践意义，为精准医疗时代胶质瘤的规范化检测树立了新标杆。