成人群体筛查揭示乳糜泻(CeD)新遗传变异:非HLA区域的15个新关联位点与自身免疫共享机制

【字体: 时间:2025年06月06日 来源:Scientific Reports 3.8

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  本研究通过大规模成人群体筛查(52,342人,含465例新诊断和361例已知乳糜泻病例),采用全基因组关联分析(GWAS)和高效单倍型分型技术,首次发现15个非HLA区域新遗传变异(P<5×10-8 ),其中5p15.33位点的LINC01019长链非编码RNA基因与类风湿关节炎存在共享自身免疫机制。研究克服了既往GWAS的疾病误分类偏倚,为解释乳糜泻48%的未解遗传性提供新线索。

  

乳糜泻(Celiac disease, CeD)作为一种由麸质引发的自身免疫性疾病,其发病机制长期困扰着科研人员。尽管已知人类白细胞抗原(HLA) DQ2.5/DQ2.2/DQ8等位基因是必要因素,但携带这些基因的人群中仅3%会发病,且已有GWAS研究仅能解释48%的遗传性。更棘手的是,既往研究因依赖已确诊病例而存在疾病误分类偏倚,大量潜在病例被错误归入对照组。这些瓶颈问题促使挪威科技大学(NTNU)领衔的国际团队在《Scientific Reports》发表突破性研究。

研究团队创新性地采用挪威HUNT4队列的52,342名成人筛查数据(含826例活检确诊病例),通过四种Illumina HumanCoreExome芯片分型,结合Haplotype Reference Consortium(HRC)参考面板进行PBWT算法插补,获得2490万变异位点。采用SAIGE工具进行逻辑混合模型分析,并利用FUMA平台进行功能注释。

非HLA区域新发现
研究鉴定出12个新基因座中的15个全基因组显著变异(P≤5×10-8
)。5p15.33位点的rs32727(MAF=35.8%)展现出最强关联信号(OR=0.74,P=4.7×10-9
),该位点位于LINC01019长链非编码RNA内,邻近IRX1基因(类风湿关节炎风险基因)。

已知位点验证
41个既往报道的非HLA位点中,6个达到提示性显著水平(P≤5×10-6
),包括2p16.1的BCL11A基因(参与B细胞活化)。

HLA区域分析
尽管受限于芯片覆盖度,仍发现6p21.33的HLA-B上游变异rs2853999(OR=6.17,P=3×10-182
)和6p22.1的GABBR1内含子变异rs715044(OR=4.66,P=2.84×10-32
)。

功能注释
基因-组织表达热图显示,2q35和6p21.2位点基因在脑、胰腺和胃组织中显著富集,提示肠道-脑轴可能参与CeD发病。

这项研究通过严格筛查策略和全基因组覆盖技术,首次系统揭示了非HLA区域对CeD的遗传贡献。5p15.33位点的发现不仅为解释"缺失遗传性"提供新方向,更暗示自身免疫疾病可能存在跨病种共享机制。尽管HLA区域分析受技术限制,但研究设计的创新性(包含未确诊病例)显著降低了既往GWAS的偏倚。未来需在儿童队列和其他种族中验证这些发现,并深入探究LINC01019的调控机制,这将为CeD的风险预测和个体化治疗开辟新途径。

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