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基于IC50 的酶抑制分析优化:单抑制剂浓度下的精准常数估算
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年06月06日 来源:Nature Communications 14.7
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本研究针对传统酶抑制分析需多浓度实验导致的效率低下问题,提出50-BOA(IC50 -Based Optimal Approach)方法,通过单抑制剂浓度(>IC50 )结合Cheng-Prusoff方程正则化,实现Kic 和Kiu 的高精度估算,减少75%实验量,为药物开发和食品技术提供高效工具。
酶抑制分析是药物开发和食品安全评估的核心环节,其关键在于精确测定抑制常数Kic
(竞争性抑制常数)和Kiu
(非竞争性抑制常数)。传统方法需耗费大量资源进行多浓度实验,且因实验设计缺乏系统性常导致结果不一致。例如,酮康唑对咪达唑胺的CYP3A4抑制类型在不同研究中被分别报告为混合型和竞争型,凸显现有方法的局限性。
为破解这一难题,韩国基础科学研究院和成均馆大学的研究团队开发了名为50-BOA的创新方法。研究发现,当抑制剂浓度(IT
)低于抑制常数时,传统实验数据不仅冗余还会引入偏差。通过分析误差分布规律,团队揭示仅需使用单一IT
(>IC50
)结合Cheng-Prusoff方程的正则化处理,即可实现Kic
和Kiu
的精准估算。该方法将实验量减少75%,相关成果发表于《Nature Communications》。
研究采用三大关键技术:1)基于质量作用定律的动力学模型模拟;2)误差景观热图分析不同IT
条件下的参数可识别性;3)交叉验证优化的正则化算法,整合IC50
与初始速度数据。实验验证采用三唑仑-酮康唑(混合抑制)和氯唑沙宗-乙胺丁醇(竞争抑制)两组真实数据。
误差景观揭示实验设计规律
通过构建不同IT
条件下的拟合误差热图发现:当IT
?Kic
/Kiu
时参数无法识别;当IT
介于Kic
与Kiu
之间时可精确估算其中一个常数;仅当IT
≥IC50
(IC50
为Kic
与Kiu
的加权调和均值)时才能同时精准估算两个参数。
IC50
正则化提升精度
将IC50
=H(Kic
,Kiu
)作为正则项引入损失函数,即使IC50
存在偏差,交叉验证机制也能自动降低λ权重,保证主导抑制常数的估算精度。在酮康唑案例中,单IT
=0.5μM(>IC50
=0.04μM)数据配合正则化,使Kic
和Kiu
的95%置信区间与经典方法相当,且避免将混合抑制误判为竞争/非竞争类型。
复杂系统适用性验证
扩展研究表明,50-BOA适用于多底物系统、底物协同结合(希尔系数n>1)及抑制剂协同结合等场景。通过修改初始速度方程,该方法在辅因子NADPH竞争性抑制模型中仍保持90%准确率。
该研究建立的50-BOA框架从根本上改变了酶抑制分析范式:1)实验维度从多浓度矩阵简化为单点设计;2)通过IC50
信息补偿数据量减少带来的精度损失;3)配套发布的MATLAB/R包支持复杂场景分析。对于CYP450等药物代谢酶研究,该方法可显著降低假阳性结果风险,加速DDI(药物-药物相互作用)评估流程。未来研究可探索其在体内高酶浓度环境下的适应性,以及IC50
估算不准时的替代方案。
(注:全文数据与代码已开源,包含三唑仑-酮康唑原始数据及误差景观生成脚本)
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