基于SSR和新型Indel标记揭示305份烟草种质资源的遗传多样性及群体结构

为解决烟草遗传背景狭窄、分子标记不足的问题，研究人员利用长读长测序技术开发了124个新型Indel标记，结合108个SSR标记对305份烟草种质进行评价。结果显示，烤烟、晒烟和白肋烟遗传背景简单，而雪茄烟较复杂。该研究为烟草育种（尤其是雪茄烟）提供了重要指导。

　　

烟草作为全球重要经济作物，其遗传多样性因人工驯化而逐渐狭窄。研究团队运用长读长测序(long-read sequencing)对雪茄烟CX14和白肋烟By37进行测序，成功开发124个新型插入缺失(Indel)多态性标记。结合108个公开的简单序列重复(SSR)标记，对305份烟草种质进行系统评估。

数据分析显示，Nei基因多样性指数(Nei)、基因多样性(H)、多态信息含量(PIC)和香农指数(I)均值分别为0.412、0.412、0.350和0.691。通过聚类分析、群体结构分析、主成分分析(PCA)、主坐标分析(PCoA)、判别分析(DAPC)和分子方差分析(AMOVA)等多维解析，发现烤烟、晒烟和白肋烟遗传背景相对单一，而雪茄烟则表现出更复杂的遗传特征。

这项研究不仅揭示了烟草种质资源遗传多样性的现状，更为重要的是为烟草育种（特别是遗传背景复杂的雪茄烟育种）提供了分子层面的理论依据和技术支持。新开发的Indel标记体系将有效弥补现有烟草分子标记资源的不足，助力突破育种瓶颈。