基于二代测序技术的健康家兔鼻腔微生物组特征及地域差异研究

本研究针对家兔（Oryctolagus cuniculus domesticus）上呼吸道感染诊断难题，采用二代测序技术（NGS）首次系统解析健康个体鼻腔细菌（16S rRNA V1 -V3 区）和真菌（ITS-2）微生物组特征，发现186种细菌和401种真菌的分布规律，揭示地域性差异（加州vs阿拉巴马），为兽医临床建立健康对照基准，尤其关注传统培养法易漏检的Moraxella cuniculi和Mycoplasma等潜在病原体。

　　

家兔作为常见的伴侣动物和实验模型，其上呼吸道感染一直是兽医临床的棘手问题。传统微生物培养方法存在明显局限——仅能检出不足1%的微生物，导致许多难以培养的病原体（如Mycoplasma）或新型微生物被漏检。这种诊断缺口使得临床治疗往往缺乏精准指导。更复杂的是，健康家兔鼻腔本底微生物组数据长期缺失，兽医难以区分共生菌群与致病菌。针对这一现状，来自美国加州的Dr. Sip Exotics Veterinary House Calls和阿拉巴马州Oakview Animal Hospital的研究团队联合开展了一项开创性研究，首次采用下一代DNA测序技术（next-generation sequencing, NGS）全面绘制健康家兔鼻腔微生物图谱，并探索地理因素对菌群构成的影响。这项发表于《Journal of Exotic Pet Medicine》的研究，不仅为兽医实践提供了重要参照标准，更揭示了传统认知中"致病菌"可能作为共生菌存在的颠覆性发现。

研究团队采用跨地域队列设计，收集加州（n=25）和阿拉巴马州（n=24）健康宠物兔的鼻腔拭子样本，通过NGS技术分别靶向细菌16S rRNA基因的V₁
-V₃
高变区和真菌ITS-2区域进行测序分析。标准化采样流程由专业兽医执行，所有个体均经严格健康筛查。生物信息学分析采用MiDOG动物诊断实验室的标准流程，重点关注α/β多样性及地域差异。

【Results】
细菌群落特征：共检测到186个细菌分类单元，其中9个占比≥1%。Pseudomonadales目（12.7%±17）、Moraxella cuniculi（11.9%±18）和Neisseriaceae sp.（8.5%±9）为优势菌群。值得注意的是，75.5%样本检出Mycoplasma属（4.7%±9），挑战了其作为专性病原体的传统认知。

真菌群落特征：真菌多样性（401种）显著高于细菌，Cladosporium属（38.1%±25）占绝对优势，其次为Alternaria属（5.5%±8）和Pleosporales目（3.8%±10）。地域分析显示加州组有23个真菌类群丰度更高。

【Discussion】
该研究首次建立健康家兔鼻腔微生物组基线数据，其核心发现在于：1）传统病原体Moraxella cuniculi和Mycoplasma在健康群体中普遍存在，提示需重新评估其致病阈值；2）真菌群落呈现显著地域差异，可能与气候因素相关；3）Campylobacteraceae目（2.84%±6.1）和Helicobacter属（3.7%±5.5）的检出为潜在人畜共患病风险提供预警。

这项研究的临床价值在于为"家兔呼吸道疾病综合征"的鉴别诊断提供分子基准，推动兽医诊疗从经验性用药向精准医学转变。特别是对NGS报告中的Mycoplasma阳性结果，研究强调需结合临床症状谨慎解读。未来研究应扩大样本量并追踪微生物组动态变化，以进一步区分共生与致病状态。