综述：探索益生菌研究中的组学方法：当代发展与未来路径

（编辑推荐）本综述系统阐述了组学技术（omics）在益生菌研究中的革新性应用，涵盖基因组学（genomics）、转录组学（transcriptomics）、蛋白质组学（proteomics）和代谢组学（metabolomics），揭示了益生菌与宿主互作的分子机制，为开发靶向性益生菌疗法提供新视角。

　　

Abstract
组学技术与实验研究的结合彻底改变了益生菌领域，通过多维度解析益生菌活性机制。基因组学解码了益生菌完整基因集，揭示其耐受胃肠道（GI）环境的遗传基础；转录组学（RNA-seq）分析基因表达模式，阐明环境适应性；蛋白质组学挖掘宿主-菌群互作的关键蛋白及翻译后修饰（如磷酸化）；代谢组学则解析了短链脂肪酸（SCFAs）等活性代谢物的合成通路。

Introduction
益生菌需在肠道定植并分泌抗菌物质（如细菌素、H₂
O₂
）或保护性代谢物（如谷氨酰胺）。常见菌属包括乳酸杆菌（Lactobacillus）、双歧杆菌（Bifidobacterium）等，其中乳酸杆菌商业化应用最广。传统改良技术（如基因工程、微胶囊化）与组学技术结合，推动益生菌在炎症性肠病（IBD）、抗生素相关性腹泻等疾病中的应用。

Genomics
高通量测序揭示了乳酸杆菌基因组特征，比较基因组学分析发现水平基因转移（HGT）事件及 niche adaptation 相关基因，例如耐酸基因簇。

Transcriptomics
RNA-seq 技术显示益生菌在肠道低氧环境中激活应激相关基因（如热休克蛋白），并调控宿主免疫基因（如IL-10）。

Proteomics
双向电泳（2-DE）联合质谱（LC-MS/MS）鉴定出粘附蛋白（如Mub），其糖基化修饰影响肠道定植效率。

Metabolomics
GC-MS/NMR 分析证实益生菌代谢产物（如共轭亚油酸CLA）通过PPAR-γ通路减轻肠道炎症。

Limitations
多组学数据存在批次效应（batch effects），且厌氧菌单细胞分选技术仍需优化。

Future roadmaps
开发微流控单细胞组学（Microbe-seq）平台，整合AI模型预测益生菌-宿主代谢网络。

Conclusion
多组学技术从分子层面揭示了益生菌作用机制，为个性化益生菌疗法奠定基础，但需解决数据整合与标准化挑战。

（注：全文严格基于原文缩编，未添加非原文信息）