非小细胞肺癌靶向RNA测序平台比较：优化致癌融合检测的临床策略

为解决非小细胞肺癌(NSCLC)中罕见/新型致癌融合漏检问题，研究人员对比了扩增子(Oncomine)与杂交捕获(TruSight Oncology 500)RNA测序平台的性能。通过1211例临床样本分析发现，10%的驱动阴性病例经杂交捕获检测后，额外检出9例可靶向治疗的ALK/BRAF/NRG1等融合，显著提升患者治疗机会。该研究为NSCLC分子分型提供了优化检测路径。

　　

肺癌精准医疗的"盲区"与破局之道

在非小细胞肺癌(NSCLC)的精准治疗时代，靶向药物为ALK、ROS1等融合基因阳性患者带来显著生存获益。然而临床检测却面临一个棘手难题：常规扩增子测序虽快速高效，但对罕见或新型融合伴侣的检出率有限，导致部分患者错失治疗机会。这一"检测盲区"促使研究者探索更优化的分子诊断策略。

美国威尔康奈尔医学院的研究团队在《The Journal of Molecular Diagnostics》发表了一项开创性研究，系统比较了两种主流RNA测序技术——基于扩增子的Oncomine Comprehensive Assay与杂交捕获TruSight Oncology 500在NSCLC融合检测中的表现。研究团队分析了1211例临床样本，创新性地采用"初筛+复检"的级联检测流程：先通过扩增子法快速筛查，再对驱动阴性病例进行杂交捕获复检。

关键技术方法包括：1) 从FFPE样本中同步提取DNA/RNA；2) 采用Oncomine v2/v3进行扩增子测序；3) 对驱动阴性病例(321例)的RNA进行TruSight Oncology 500杂交捕获测序；4) 利用AACR Project Genie数据库(20,900例)进行临床敏感性预测。

【材料与方法】
研究纳入2018-2024年连续1175例成功测序的NSCLC样本，其中腺癌占79.1%。通过标准化流程提取核酸，采用两种版本Oncomine检测（v2手动建库/v3全自动建库），对MAPK通路驱动阴性病例（定义为ALK/BRAF/EGFR等12个基因无变异）进行杂交捕获复检。

【结果】

1. 临床队列特征：
   初筛检出854例(72.7%)驱动变异，包括336例EGFR突变和326例KRAS突变。融合检出率3.9%(46例)，以ALK占比最高(28例)。

2. 级联检测效能：
   120例接受杂交捕获复检的病例中，额外检出9例(7.5%)可靶向融合，涉及CCDC186::RET、FMR1::ALK等新型组合。值得注意的是，这些融合均未被初筛检测覆盖，包括1例KIF5B::ALK非常规断点。

3. 平台敏感性预测：
   通过AACR Genie数据库分析显示，扩增子法对ALK融合预测检出率最高(91.8%)，但对NTRK3(20%)和BRAF(23.1%)敏感性较低。总体而言，82.6%的NSCLC相关融合可被Oncomine设计覆盖。

【讨论与结论】
这项研究揭示了"扩增子初筛+杂交捕获复检"策略的临床价值：
• 实用平衡：保留扩增子法快速(平均2周)、低样本量优势，同时通过复检捕获17.4%的潜在漏检融合
• 个体化获益：使0.76%的总体患者获得靶向治疗机会，尤其对NRG1/NTRK等罕见融合意义重大
• 技术互补：杂交捕获的"伴侣基因不可知"特性可识别EPB41::BRAF等新型融合

研究同时指出当前局限：RNA质量要求较高(47例因浓度不足未能复检)，且增加约2周检测周期。随着NSCLC靶向治疗向早期疾病扩展，这种级联检测策略有望成为优化分子分型的标准化方案，为更多患者打开精准医疗之门。