综述:径向分布函数综述:分子结构、分子间相互作用和热力学性质的洞察

【字体: 时间:2025年06月06日 来源:Journal of Molecular Liquids 5.3

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  这篇综述系统阐述了径向分布函数(RDF)在统计力学中的核心地位,通过数学建模、实验技术(X射线/中子散射、EXAFS)和模拟方法(MD/DFT),揭示了RDF如何关联微观粒子排列与宏观热力学性质(如内能E、化学势μ、表面张力),并特别探讨了其在氢键系统(如蛋白质/DNA)中的结构解析作用。

  

Abstract
径向分布函数(RDF)作为统计力学的基石,通过描述参考粒子周围特定距离r处发现其他粒子的概率,为液体、晶体及无序材料的分子排列提供了关键洞察。其数学表达与实验测定方法(如X射线散射和分子动力学模拟MD)的紧密结合,使其成为解析流体混合物热力学性质(如内能E、压缩系数κ)的核心工具。

Introduction
RDF(g(r))在均质各向同性体系中量化了粒子密度随距离的波动,其应用跨越从晶体有序结构到生物分子氢键网络。通过关联微观相互作用与宏观性质(如压力P、化学势μ),RDF成为理解蛋白质折叠、DNA-配体识别等生命过程的桥梁。

Mathematical formula
RDF的计算基于参考粒子周围同心球壳的粒子数统计:以dr为间隔划分球壳,统计各壳层平均粒子数并除以壳体积,最终归一化为单位体积密度。该方法在MD模拟中通过时间平均实现,其精度直接影响对W2
(r)(实际相互作用功)的解析。

Some features
液体RDF曲线在r/σ(σ为分子直径)坐标下呈现特征振荡:低温时尖锐峰反映短程有序,高温则平滑化(图2)。首峰位置r≈hσ(h≈1)标志最近邻接触距离,而g(r)→1(r→∞)体现体相均匀性。

Methods for obtaining the RDF
实验技术中,X射线散射通过结构因子S(q)反演g(r),而EXAFS解析近邻配位壳层。计算领域,MD模拟基于牛顿运动方程追踪粒子轨迹,而积分方程理论(如PY/HNC近似)提供快速解析解。机器学习正推动混合方法(MD-EXAFS)的发展。

Phase behavior of RDF
固相RDF呈现δ函数状尖锐峰(图3A),对应晶格周期性;液相为衰减振荡曲线,气相则仅存单峰。相变过程中,峰宽变化直接关联序参量,如熔融时长程有序消失。

Relation between RDF and thermodynamic properties
内能E=2πNρ∫u(r)g(r)r2
dr,其中u(r)为对势。化学势μ通过Kirkwood-Buff积分关联g(r)的组成依赖性,而压缩系数κ∝∫[g(r)-1]dr反映密度涨落。

Insights on intermolecular forces
稠密体系中,W2
(r)≠u(r)凸显多体效应。如液态水g(r)的首峰(~2.8?)对应O-H氢键,其强度随温度升高而减弱,揭示氢键网络的动态特性。

Quantitative insight into the structure of hydrogen-bonded systems
生物大分子中,供体(N-H/O-H)与受体(O/N)的g(r)峰(1.5-2.5?)量化氢键密度。例如,DNA双链中相邻碱基对的g(r)峰位差异可识别Watson-Crick配对特异性。

Conclusion and future outlook
RDF技术正从体相分析向界面体系拓展,如膜蛋白-脂质相互作用。深度学习加速高维RDF映射,而原位实验技术(如超快X射线)将捕捉瞬态结构动态。

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