综述:欧洲癌症登月计划隆德中心的临床转化型综合性生物样本库策略

【字体: 时间:2025年06月06日 来源:Journal of Proteomics 2.8

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  这篇综述系统阐述了欧洲癌症登月计划隆德中心开发的生物样本库(Biobank)创新框架,该框架通过自动化样本处理(LIMS/REDCap)、多组学(Multi-omics)整合和人工智能(AI)分析,推动肿瘤精准医疗(Precision Oncology)发展,尤其在黑色素瘤和肺癌中实现蛋白基因组学(Proteogenomics)驱动的个体化治疗。

  

动态生物样本库:从样本存储到精准医疗的引擎

现代生物样本库已从静态存储库转型为动态研究平台。欧洲癌症登月计划隆德中心通过半自动化系统实现384孔板高密度样本处理,50-70μL微量分装结合液氮速冻技术,将样本周转时间控制在4小时内,有效维持蛋白质(PTMs)和核酸完整性。

肿瘤与血液双轨工作流
肿瘤组织经术中30分钟内分装为冷冻(-80°C)和FFPE两份,配套数字化病理(H&E染色每5张切片质控)。血液样本通过EDTA/肝素管采集,2小时内完成血浆、血清、白细胞层(Buffy coat)的机器人分装,单次采血可生成192份70μL标准化 aliquot。

蛋白基因组学驱动临床转化
人类黑色素瘤蛋白质组图谱(覆盖15,500种蛋白)揭示BRAFV600E
突变体的磷酸化特征,结合循环肿瘤蛋白(CTPs)监测,实现74%肿瘤异质性解析。AI模型(AUC=0.85)通过梯度提升算法预测复发风险,其数据平台MEL-PLOT开放访问全球研究者。

国际协同与未来挑战
该体系与CPTAC、ICPC等国际项目接轨,但需解决:1)多中心样本降解率差异;2)GDPR框架下临床数据共享;3)FFPE样本抗原修复(Tris-EDTA法)的批次效应。快速尸检计划(4小时内完成)为转移瘤研究提供多器官样本,但需平衡伦理与科学需求。

技术融合新范式
空间组学(Spatial omics)激光捕获显微切割(LCM)技术解析肿瘤微环境(TME)中PD-1+
T细胞空间分布,而DIA质谱(LC-MS)实现单张FFPE切片8000蛋白定量。这种"临床-数字病理-多组学"三角验证模式,正重塑癌症分子分型标准。

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