基于dd-RAD-Seq技术的甜茶(Lithocarpus litseifolius)遗传多样性分析与KASP标记开发

来自中国多省份的研究团队针对具有重要商业和药用价值的甜茶(Lithocarpus litseifolius)，采用双酶切限制性位点关联DNA测序(dd-RAD-seq)技术，对38份种质资源进行遗传多样性评估和DNA指纹图谱构建。研究成功筛选4864个SNP位点，开发出108个KASP标记（转化率71.5%），平均多态性信息含量(PIC)达0.366，建立9个高多态性KASP标记体系，为甜茶种质鉴定和遗传研究提供科学依据。

　　

这款被称为"甜茶"的壳斗科明星植物——石栎(Lithocarpus litseifolius)，最近被科学家们用分子剪刀和基因放大镜来了个全方位体检。研究团队采用双酶切限制性位点关联DNA测序(double-digest RAD-seq, ddRAD-seq)这项黑科技，对中国12个省份收集的38份甜茶"身份证"进行了深度解码。

通过高通量基因分型大数据的挖掘，科研人员像淘金者般筛选出4864个单核苷酸多态性(SNP)位点。这些基因密码的排列组合，就像茶叶的独特香气图谱，将38份资源清晰地分为四大类群——这个发现不仅得到主成分分析(PCA)的验证，还被群体结构分析(Structure)的数学建模完美印证。

更精彩的是，研究者们把151个SNP位点设计成KASP竞赛式等位基因特异性PCR(Kompetitive Allele Specific PCR)分子标记的"基因靶点"，最终108个(71.5%)成功变身高效检测工具。这些分子条形码平均多态性信息含量(PIC)达到0.366，观测杂合度0.321，特别是其中9个超级标记，能像茶叶品鉴师一样准确区分所有38个品种。

这项研究不仅建立了甜茶资源的"基因身份证"系统，更揭示了这种药用植物隐藏的遗传密码，为后续品种选育和药用成分开发埋下了重要的分子路标。