综述：基于RNA的遗传学诊断研究：法国多学科网络的综述与指导

（推荐语）本文由法国多学科专家网络联合撰写，系统阐述了高通量测序（NGS）时代下剪接变异（splicing variants）的临床解读策略，强调转录本表征（transcript characterization）对变异致病性判定的关键作用，为遗传诊断实验室提供了标准化操作框架。

　　

Abstract

随着高通量测序（NGS）在遗传诊断中的广泛应用，患者诊疗水平显著提升，但变异解读仍是重大挑战。临床意义未明变异（VUS）的判定尤其依赖专家经验，其中剪接异常（splicing alteration）的评估成为致病性判定的核心环节——任何变异都可能通过破坏剪接密码（splicing code）影响前体mRNA（pre-mRNA）加工。为此，法国全国范围内的分子遗传学与临床遗传学专家组成多学科网络，共同制定转录本研究的诊断规范。

剪接变异的生物学机制

真核生物基因的剪接过程依赖高度保守的顺式调控元件（cis-regulatory elements），包括5'剪接位点（5'ss）、3'剪接位点（3'ss）、分支位点（branch site）和外显子剪接增强子（ESE）。变异可能通过以下机制干扰剪接：

1. 经典位点变异导致外显子跳跃（exon skipping）
2. 隐蔽剪接位点（cryptic splice site）激活产生异常异构体
3. 剪接调控元件破坏引发外显子包含/排除失衡

转录本分析的诊断价值

RNA测序（RNA-seq）可直观检测异常剪接事件，其优势包括：

• 识别隐匿性剪接变异（如深在内含子变异）
• 验证预测工具（如SpliceAI、MMSplice）的结果
• 量化异常转录本比例（aberrant isoform ratio）

法国专家共识要点

1. 三级证据体系：将实验数据（如minigene assay）与生物信息学预测（in silico analysis）结合
2. 质量控制标准：建议使用链特异性建库（strand-specific library）和核糖体RNA去除（rRNA depletion）
3. 报告规范：需注明检测灵敏度（如测序深度≥50×）和局限性（如组织特异性表达）

临床实施挑战

尽管RNA研究显著提升诊断率（部分研究显示增加15-20%），仍存在样本获取（如难以活检组织）、动态表达调控（temporal regulation）干扰等技术瓶颈。未来单细胞转录组（scRNA-seq）和长读长测序（long-read sequencing）可能提供新突破。

该综述为遗传诊断实验室建立了标准化转录本研究路径，其推荐方案已整合入法国国家遗传疾病诊断网络（AnDDI-Rares），成为解读剪接变异的黄金标准。