尼日利亚西北部卡诺地区医院与非医院环境中鲍曼不动杆菌的本地基因组流行病学研究

这篇研究通过全基因组测序(WGS)揭示了尼日利亚卡诺地区医院与非医院环境中鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)的传播动态，发现两种主要变体blaOXA-66 （STPas 2）和blaOXA-180 （STPas 267）在临床与环境样本中双向传播，其中STPas 267首次从患者尿液中检出，提示环境-人传播风险。研究填补了非洲耐药菌基因组数据的空白，为防控策略提供关键依据。

　　

引言
鲍曼不动杆菌(A. baumannii)是革兰阴性需氧菌，以多重耐药性和环境持久性著称，可引发败血症、脑膜炎等致命感染。尽管其在医院内传播机制已有研究，但非洲地区尤其尼日利亚的医院与非医院环境间传播模式仍属空白。本研究首次通过全基因组分析，揭示卡诺地区临床与环境分离株的基因组特征及传播路径。

材料与方法
研究历时6个月收集172份样本，涵盖医院病床、门把手、学生宿舍厕所、土壤及患者尿液。通过微生物学鉴定和PCR确认bla_OXA-51-like
基因后，对22株菌进行全基因组测序，分析耐药基因(ARGs)、毒力因子、插入序列(IS)和质粒。采用牛津(Oxford)与巴斯德(Pasteur)MLST分型方案，并构建核心基因组系统发育树。

结果

1. 菌株分布与变体特征
   27株A. baumannii中，48.8%携带bla_OXA-66
   （ST^Pas
   2），33.3%为bla_OXA-180
   （ST^Pas
   267）。前者集中于医院表面（病床、抽屉）和学生宿舍厕所，后者在土壤与临床尿液中均有检出。

2. 耐药表型与基因型
   70%菌株对多数抗生素敏感，但bla_OXA-66
   变体携带8种ARGs（如aadA1、tetB），介导氨基糖苷类、四环素和磺胺耐药。所有菌株均含固有耐药基因bla_ADC-25
   。

3. 毒力基因与移动元件
   ST^Pas
   2携带39个毒力基因（如bap、abaR），而ST^Pas
   267缺失2个。质粒预测显示，137 Kb可移动质粒携带4种ARGs，可能通过水平转移(HGT)传播耐药性。

4. 系统发育与传播启示
   ST^Pas
   267与波兰白鹳分离株及澳大利亚临床株聚类，提示跨洲传播可能。医院与非医院分离株SNP距离为85-100，表明近期环境-临床交叉传播。

讨论
研究发现ST^Pas
267（bla_OXA-180
）在非洲的扩散可能与生态因素相关，而ST^Pas
2（IC2克隆）的医院适应性可能源于抗生素选择压力。值得注意的是，尽管bla_OXA-180
变体耐药基因较少，其在临床样本中的出现凸显环境作为耐药库的潜在威胁。

结论
卡诺地区A. baumannii的传播呈现环境-临床双向循环模式，ST^Pas
267的检出警示需加强环境监测。研究为非洲耐药菌防控提供了首个本地基因组流行病学数据，强调跨部门协作的必要性。