南极沉积物来源假单胞菌KK18全基因组揭示植物促生长潜力

来自韩国极地研究所的研究团队通过对南极罗斯海沉积物中分离的假单胞菌KK18进行全基因组测序，揭示了其7.3 Mb基因组中携带的植物促生长（PGPB）相关基因及次级代谢产物合成通路。该菌株具有100%基因组完整性和61% GC含量，其冷适应特性为开发极地生物肥料提供了新候选。

　　

南极罗斯海沉积物中分离的假单胞菌(Pseudomonas) sp. KK18近日完成全基因组解析。该菌株通过55°C预处理结合R2A培养基低温培养分离，经Illumina NovaSeq(2×150 bp)和牛津纳米孔(ONT) GridION双平台测序，获得覆盖度133×（ONT）和357×（Illumina）的高质量数据。基因组组装采用Trycycler-Flye混合策略，经Medaka和POLCA抛光后得到7,253,342 bp环形染色体，包含6,461个蛋白编码基因及完整rRNA操纵子。

值得注意的是，其基因组携带植物促生菌(PGPB)特征基因，包括营养元素溶解和铁载体(siderophore)合成相关通路。通过OrthoANI分析显示与Pseudomonas sp. NC02具有98.74%相似性，16S rRNA同源性达99.2%。该菌株采集自南纬75.21136°、深1,224米的箱式取样器，其极端环境适应性与植物互作基因的共存，为开发耐寒生物肥料提供了分子基础。研究获韩国圆光大学2023年度基金支持。