斐济苏瓦医院临床相关病原菌基因组多样性揭示抗菌素耐药性传播特征

为解决太平洋地区抗菌素耐药性(AMR)基因组数据缺乏问题，研究人员对斐济苏瓦医院788株临床分离菌株进行基因组分析，聚焦3GCR(第三代头孢菌素耐药)和碳青霉烯耐药菌株。研究发现碳青霉烯耐药主要由A. baumannii ST2和P. aeruginosa ST773克隆传播驱动，并首次报道OXA-232型K. pneumoniae ST395及NDM-7型E. coli ST410在斐济的传播，为区域AMR防控提供关键分子流行病学依据。

　　

抗菌素耐药性(AMR)已成为全球公共卫生危机，每年直接导致127万人死亡。在太平洋岛国地区，AMR流行病学数据长期匮乏，特别是缺乏基因组层面的研究证据。斐济作为该区域医疗枢纽，其临床病原菌的耐药特征对周边国家具有重要预警价值。既往研究显示，斐济的3GCR肠杆菌目细菌检出率已从十年前的12%骤增至43%，但驱动这一现象的分子机制尚不明确。

为解决这一知识缺口，澳大利亚莫纳什大学感染性疾病系联合斐济殖民战争纪念医院病理科，开展了一项为期15个月的横断面研究。团队收集苏瓦医院1481株临床分离菌株，最终对788株(含615株革兰阴性菌和165株革兰阳性菌)进行全基因组测序(WGS)，重点分析3GCR肠杆菌目、碳青霉烯耐药革兰阴性菌、MRSA和VRE的基因组特征。研究论文发表于《JAC-Antimicrobial Resistance》。

研究采用Illumina NovaSeq 6000平台进行短读长测序，对9株关键菌株补充牛津纳米孔长读长测序。通过Pathogenwatch平台进行物种鉴定和MLST分型，AMRFinderPlus检测耐药基因，RedDog构建核心基因组系统发育树。样本主要来源于血流感染(58%)和伤口分泌物(22%)。

结果
临床分离株多样性
检出29个物种12个属，革兰阴性菌中K. pneumoniae(35.6%)、E. coli(44.2%)、A. baumannii和P. aeruginosa(合计41%)为主。A. baumannii呈现克隆优势，68%属于ST2型。

AMR遗传决定因素
3GCR肠杆菌目携带bla_CTX-M-15
(67%)等21种ESBL基因。碳青霉烯耐药主要由A. baumannii ST2(bla_OXA-23
/bla_NDM-1
)和P. aeruginosa ST773(bla_NDM-1
)驱动。首次发现6株K. pneumoniae ST395携带bla_OXA-232
质粒，7株E. coli ST410携带bla_NDM-7
的IncX3质粒。

关键克隆传播分析
系统发育分析显示：

• S. aureus ST1形成独立进化枝，与萨摩亚分离株高度同源
• A. baumannii ST3个传播簇分别与泰国、澳大利亚和美国株相关
• P. aeruginosa ST773呈现单克隆传播(SNP中位数1)
• E. coli ST410菌株间SNP差异≤19，提示近期传播

讨论与意义
该研究首次系统描绘了斐济临床病原菌的基因组图谱，揭示碳青霉烯耐药主要由A. baumannii ST2和P. aeruginosa ST773克隆传播维持。值得注意的是，2022年新出现的K. pneumoniae ST395和E. coli ST410克隆，其携带的可移动遗传元件可能加速耐药基因扩散。研究发现S. aureus ST1在太平洋岛屿间的基因流动，为区域感染控制提供新视角。

研究建立的基因组监测框架，为资源有限地区开展AMR分子流行病学研究提供范本。数据表明，斐济需重点防范ST2和ST773克隆的医院内传播，同时警惕肠杆菌目细菌中OXA-232和NDM型碳青霉烯酶的潜在流行。这些发现为太平洋岛国制定精准防控策略奠定了分子基础。