意大利本土鸡种遗传多样性全球比较分析揭示保护策略新方向

本研究针对欧洲集约化养殖导致本土鸡种遗传基础狭窄的问题，通过Affymetrix Axiom 600K芯片对192个鸡种（含29个意大利品种）进行全基因组分析。研究人员采用ADMIXTURE、TreeMix等多维度方法，发现意大利鸡种与欧亚非品种存在显著基因流，南部品种形成独特遗传簇。研究为制定本土鸡种保护策略提供了关键基因组证据，对维持农业生物多样性具有重要意义。

　　

鸡的驯化与遗传危机
作为全球最重要的家禽物种，鸡自3500年前被驯化以来已形成数百个品种。然而现代集约化养殖导致商业品系高度同质化，欧洲本土鸡种因长期小群体繁殖面临遗传多样性锐减。意大利作为地中海农业大国，拥有丰富的本土鸡种资源，但其遗传特征与全球品种的关系尚未系统解析。

基因组解码保护策略
帕多瓦大学联合莫利塞大学等机构的研究团队在《Genetics Selection Evolution》发表研究，首次将25个意大利本土鸡种与全球167个品种进行600K SNP芯片比较分析。通过整合TuBAvI保护项目与SYNBREED计划数据，构建了迄今最完整的鸡种遗传图谱。

关键技术方法
研究采用Affymetrix Axiom 600K芯片对3720只个体进行基因分型，经PLINK 1.9质控后保留467,723个SNP。运用ADMIXTURE进行群体结构分析（K=2-35），TreeMix检测基因迁移事件，计算观察杂合度（H_O
）、期望杂合度（H_E
）及近交系数（F_ROH
）。意大利样本来自12个保护中心和农场。

多维遗传关系图谱
多维标度分析显示意大利品种形成三个主要簇：北部品种（如PLB、PLN）与德法品种聚类；中部品种（PP系列）独立成支；南部品种（SIC、COR）与非洲鸡种共享遗传背景。

群体结构解析
ADMIXTURE在K=25时最优，揭示意大利品种含4个祖先成分。瑞士品种APsscht与意大利PMP共享89%遗传成分，证实存在历史基因流。南部品种SIC保留独特遗传特征，而德国保存的同源品种BUxx显示明显遗传污染。

多样性量化分析
非洲品种H_E
最高（0.42±0.03），意大利居中（0.38±0.07）。F_ROH
显示日本品种近交最严重（0.15），意大利品种（0.08）低于欧洲平均水平，但PMP等濒危品种F_ROH
超0.12。

进化迁移模型
TreeMix检测到Padovana品种向PMP的显著基因流（权重0.32）。商业白来航鸡WL品系与意大利地方品种PLB存在双向基因渗入，反映20世纪育种交流。

保护遗传学启示
研究首次证实：1）意大利南部鸡种是地中海禽类基因库的关键组分；2）PMP等濒危品种需优先实施基因组辅助保护；3）商业品系基因渗入威胁本土品种纯度。该成果为欧盟农业生物多样性保护计划提供了分子依据，建立的SNP数据库可作为全球鸡种鉴定的参考标准。