基于纳米孔测序技术的肯尼亚水痘-带状疱疹病毒(VZV)Clade 5基因组特征解析

来自肯尼亚KEMRI-Wellcome Trust研究团队通过纳米孔测序技术，对一例疑似猴痘(Mpox)的皮疹患者样本进行宏基因组分析，成功鉴定出水痘-带状疱疹病毒(VZV)Clade 5型基因组。该研究展示了纳米孔平台在疱疹病毒诊断和分型中的应用价值，为热带地区病毒性皮疹的鉴别诊断提供了新技术路径。

　　

科研人员从肯尼亚蒙巴萨一名31岁男性患者的皮疹样本中，利用纳米孔测序技术(R10.4.1流动槽)捕获到水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zoster virus, VZV)的基因组线索。经过Dorado(v.7.3.9)碱基识别和Flye(v.2.8.1)组装，最终获得124,668 bp的病毒基因组，GC含量46%，与全球流行的Clade 5毒株(MH709330.1等)相似度达99.93%。

有趣的是，该病例最初被怀疑感染猴痘(Mpox)，但通过牛津纳米孔技术(ONT)的SQK-NBD114.96建库方案和Chan Zuckerberg ID生物信息流程，研究人员成功"揪出"真凶——属于疱疹病毒科α亚科的VZV。系统发育分析显示，这个肯尼亚毒株与来自美国、德国、印度等地的Clade 5毒株亲缘最近，在进化树上形成稳定分支。

实验过程中，团队采用改良的珠磨法处理样本，配合QIAamp系列试剂盒提取病毒DNA。测序产生的127万条原始读数经Porechop(v.0.2.4)过滤后，仍有19.3万条读数成功拼出病毒基因组，平均测序深度达34×。通过MAFFT(v.7.25)比对和IQ-TREE(v.2.3.3)构建的最大似然树，最终将这个"伪装"成猴痘的VZV毒株精准定位到基因分型的第五分支。

这项研究不仅证实了纳米孔测序在热带传染病诊断中的"火眼金睛"，更揭示了东非地区流行的VZV毒株与欧亚大陆毒株的演化关联。当皮疹症状让医生们陷入诊断迷雾时，宏基因组学就像病毒界的"人脸识别系统"，能快速区分水痘、带状疱疹和猴痘这些"长相相似"的皮肤病元凶。