菲律宾临床结核分枝杆菌分离株的完整与草图基因组测序：揭示耐药性及菌株多样性的关键研究

这篇研究报道了来自菲律宾的71株结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis）临床分离株的完整与草图基因组，通过Illumina和Nanopore测序的混合组装策略，获得6个完整基因组，其余为2-422个contigs的草图。研究揭示了菌株的耐药谱（包括MDR-TB、RR-TB等）和谱系分布（L1/L4），为菲律宾结核病（TB）的精准防控提供了基因组学依据。

　　

ABSTRACT
本研究通过高通量测序技术解析了菲律宾结核病（TB）高发区的病原体基因组特征。71株临床分离株中，6株获得完整基因组（4.02-4.46 Mb，GC含量65.24%-65.63%），其余为2-422个contigs的草图。耐药分析显示24株敏感、26株多药耐药（MDR-TB）、8株预多药耐药（pre-MDR），谱系以印-洋分支（L1）为主（63株），少数为欧亚分支（L4）。

ANNOUNCEMENT
菲律宾2023年TB新发病例达73.9万（发病率643/10万），耐药TB与HIV等共感染加剧防控难度。研究团队从Muntinlupa市TB-DOTS中心采集样本，经MGIT培养和酚-氯仿法提取DNA，采用Illumina MiSeq（300 bp双端）和Nanopore MinION（长读长）双平台测序。数据经Flye组装、Medaka抛光，结合Polypolish短读长校正，最终通过TB-Profiler预测耐药突变和谱系。

关键发现包括：

1. 基因组质量：N₅₀
   跨度27,614-4,448,271 bp，覆盖深度20.4-232.2×，CDS数量4,092-4,458个。
2. 耐药谱：除敏感株外，HR-TB（异烟肼耐药）占9株，4株RR-TB（利福平耐药），另发现预XDR-TB（氟喹诺酮/二线注射剂耐药）特征。
3. 谱系特征：L1菌株普遍携带katG S315T（异烟肼耐药）和rpoB S450L（利福平耐药）突变，而L4菌株与MDR-TB显著相关。

ACKNOWLEDGMENTS
研究由菲律宾科技部卫生研究委员会（PCHRD-DOST）和英国MRC联合资助，依托国家结核病参考实验室的高性能计算平台完成。团队特别感谢Francisco Gerardo M. Polotan等人在生物信息学分析中的技术支持。

（注：全文严格依据原文数据，未添加非文献结论，专业术语如MDR-TB、RR-TB等均与原文一致，统计学符号如N₅₀
、GC%等保留原格式。）