印度阿拉伯海沿岸抗生素耐药性Heyndrickxia oleronia菌株UL23-01-03的基因组草图解析及其抗性机制研究

来自印度Yenepoya大学的研究人员针对抗生素耐药性问题，完成了Heyndrickxia oleronia菌株UL23-01-03的基因组测序。该菌株分离自阿拉伯海沿岸含结晶砂的土壤样本，基因组全长5,003,978 bp（GC含量34.8%，OrthoANI 97.37%），鉴定出cfr(B)、msr(G)等抗性基因，为β-内酰胺类抗生素（如8 mcg/mL美罗培南）耐药机制研究提供新线索。

　　

在印度芒格洛尔阿拉伯海岸(12°47′25″ N, 74°50′27″ E)20厘米深的结晶砂土层中，科学家们捕获了一株能耐受8微克/毫升美罗培南(meropenem)的革兰氏阳性杆菌——Heyndrickxia oleronia UL23-01-03。这个中温兼适度嗜热的杆状菌种，最初是从法国奥莱龙岛白蚁后肠中分离的"明星菌株"的近亲。

研究团队采用"酚-氯仿-异戊醇(25:24:1)"经典法提取DNA后，通过Covaris E210超声破碎仪将基因组切割成500bp片段，配合Illumina HiSeq 4000平台(2×150 bp)产出562万条高质量读长。经SPAdes(v4.0.0)组装后，获得包含53个重叠群(contig)的基因组图谱，N₅₀
达304,960 bp。

功能注释揭示该菌藏有5,033个基因，包括7个rRNA操纵子和97个tRNA。更关键的是，DFAST工具揪出了三个"抗性卫士"：能甲基化23S核糖体RNA的cfr(B)基因、ABC转运蛋白家族的msr(G)基因，以及介导截短侧耳素(tufA)耐药的延伸因子。这些发现为破解β-内酰胺类(6 mcg/mL青霉素/10 mcg/mL氨苄西林)耐药机制提供了分子线索。