埃及医疗机构中鲍曼不动杆菌的比较基因组学研究揭示高风险克隆及耐药基因的传播机制

本研究针对埃及医疗机构中分离的18株鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii），通过全基因组测序和表型分析，揭示了其高比例的广泛耐药性（XDR）和多重耐药性（MDR）特征。研究人员鉴定了11种牛津序列型（STs）和6种国际克隆（ICs），发现IC2为优势克隆，并首次报道了两种新型STs（ST3309OXF 和ST3321OXF ）。研究强调了移动遗传元件（MGEs）在耐药基因（如blaOXA-23 和blaNDM-1 ）传播中的关键作用，为埃及临床环境中耐药菌株的防控提供了基因组学依据。

　　

研究背景与意义
鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）因其强大的耐药性和医院内传播能力，被世界卫生组织（WHO）列为2024年细菌优先病原体清单中的三大关键威胁之一。在中低收入国家（LMICs），尤其是埃及，该菌引发的感染已成为公共卫生危机。其耐药机制复杂，包括β-内酰胺酶（如OXA型碳青霉烯酶）的广泛存在、外排泵系统（如RND家族）的过度表达，以及通过质粒和插入序列（IS）等移动遗传元件（MGEs）的基因水平转移。此外，毒力因子（如铁获取系统和荚膜多糖）的多样性进一步加剧了临床治疗的难度。

为解决上述问题，来自埃及科学城基因组中心的研究团队对18株临床分离的鲍曼不动杆菌进行了系统研究，旨在揭示其克隆分布、耐药基因传播机制及毒力特征。研究成果发表于《BMC Infectious Diseases》，为区域性耐药菌株防控提供了重要数据支持。

关键技术方法
研究采用全基因组测序（WGS）技术，结合核心基因组多位点序列分型（cgMLST）和牛津/巴斯德MLST分型方案，解析菌株的克隆关系。通过抗生素敏感性测试（VITEK2系统）和PCR检测碳青霉烯酶基因（如bla_OXA-51
和bla_OXA-23
），明确表型耐药谱。利用Kaptive工具进行荚膜分型，并通过MobileElementFinder和MOB-suite分析质粒与MGEs的关联性。

研究结果

1. 表型耐药性与基因组特征
72%的菌株表现为广泛耐药（XDR），仅对多黏菌素敏感。全基因组分析发现所有菌株携带bla_OXA-23
，27.8%携带bla_NDM-1
。外排泵基因（如adeF、abeM）普遍存在，与多重耐药性显著相关。

2. 克隆多样性分析
巴斯德分型鉴定出8种序列型（STs），其中ST570_PAS
占比最高（28%）。牛津分型发现11种STs，包括两个新STs（ST3309_OXF
和ST3321_OXF
）。国际克隆IC2（44%）为优势谱系，与bla_OXA-66
基因特异性关联。

3. 耐药基因与MGEs的关联
bla_OXA-23
与rep_cluster_1172质粒共现，ISAba24在IC2中广泛分布。研究发现ISAba24与msrE、mphE和armA基因共定位，提示其在氨基糖苷类耐药传播中的作用。

4. 毒力因子与适应性
所有菌株携带铁获取基因（bauA-F）和分泌系统基因（T2SS/T6SS），荚膜基因KL23（22.2%）和KL234（16.7%）为常见型别，可能增强免疫逃逸能力。

结论与意义
该研究首次揭示了埃及临床环境中鲍曼不动杆菌的高风险克隆（如IC2-ST570_PAS
）及其耐药基因的传播模式，强调MGEs在耐药性扩散中的核心作用。cgMLST分析显示埃及菌株与沙特阿拉伯分离株存在潜在区域传播链，提示需加强跨境监测。研究为开发靶向治疗策略（如外排泵抑制剂）和优化感染控制措施提供了科学依据，对全球耐药菌防控具有重要参考价值。