杂交鲶鱼肠道来源的Cetobacterium somerae两株菌基因组测序及功能特征解析

来自美国密西西比州立大学的研究团队针对水产养殖中鲶鱼生长性能差异问题，对杂交鲶鱼（Ictalurus punctatus × I. furcatus）肠道分离的Cetobacterium somerae菌株MSU41和MSU49进行全基因组测序。采用纳米孔测序技术（ONT GridION平台）获得3.34 Mb和3.24 Mb基因组草图，经Canu组装和Medaka抛光后获得≤9个contigs，CheckM评估显示基因组完整性＞89%，污染率≤1.04%。该研究为水产益生菌开发提供重要分子基础。

　　

科研人员从美国密西西比州斯通维尔土池养殖的杂交鲶鱼肠道内容物中，分离出两株Cetobacterium somerae菌株MSU41和MSU49。通过创新性的纳米孔测序技术（Oxford Nanopore Technologies, ONT）结合Guppy（v6.4.6）碱基识别，获得N₅₀
达6.8 kb的高质量长读长数据。基因组组装显示：MSU41含9个contigs（最大1.93 Mb），GC含量29%；MSU49含8个contigs（最大1.92 Mb），编码约3,000个CDS（蛋白质编码基因）。

有趣的是，这些菌株与已知C. somerae参考基因组平均核苷酸一致性（ANI）达94.8%，但与鲶鱼肠道其他Cetobacterium分离株（如2A和8H）ANI值≤80%，暗示其独特的进化地位。实验采用严格的厌氧培养条件（GasPak EZ系统）和DNeasy PowerSoil Pro试剂盒提取DNA，确保数据可靠性。

该研究不仅揭示鲶鱼肠道微生物组的遗传多样性，其建立的快速基因组分析方法（包含NanoFilt过滤、Canu v2.2组装和Medaka v1.7.2抛光等技术流程）更为水产病原体监测提供新范式。值得注意的是，菌株分离自体重差异显著的鲶鱼群体（低性能组317±26.3 g vs 高性能组814±40.4 g），暗示Cetobacterium可能与宿主生长调控存在潜在关联。