微管重复使用方案助力DNA片段化:高通量测序文库制备的经济环保新策略

【字体: 时间:2025年06月13日 来源:Conservation Genetics Resources 0.9

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  为解决高通量测序(HTS)文库制备中单次耗材成本高、环境污染严重的问题,研究人员开发了针对microTUBE-50 AFA Fiber Screw-Caps的四步清洁方案。通过Quant-iT dsDNA High Sensitivity检测证实,该方案可将DNA残留降至不影响后续实验的水平,实现耗材重复使用且保持片段化质量,为基因组学研究提供可持续解决方案。

  

随着高通量测序(High-Throughput Sequencing, HTS)技术的普及,DNA文库制备已成为实验室常规操作,但其中DNA片段化步骤依赖的microTUBE-50 AFA Fiber Screw-Caps等单次耗材不仅价格昂贵,更会累积成吨的实验室塑料垃圾。

这项研究创新性地提出四步清洁方案:先用蛋白酶K消化残留生物分子,接着超声处理瓦解顽固附着物,再用酸碱交替冲洗破坏核酸二级结构,最后用超纯水彻底漂洗。通过高灵敏度Quant-iT? dsDNA HS检测试剂盒追踪发现,处理后的管子DNA残留量低于1pg/μL——相当于单个人类细胞基因组含量的百万分之一,远低于可干扰后续建库的阈值。

更令人惊喜的是,重复使用5次的处理管在Covaris破碎仪中仍能产生300-500bp的理想片段分布,电镜扫描显示管体无结构性损伤。按实验室日均消耗20支管子计算,该方案每年可节省3万美元耗材费用,同时减少150kg塑料废弃物,真正实现"绿色基因组学"(Green Genomics)的愿景。

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